自身の死刑を望む高校生・乙骨憂太。 幼少の頃、結婚の約束を交わした幼馴染・祈本里香を交通事故により目の前で失った彼は、 呪いと化した彼女に憑かれ苦しんでいた。
そんな中、「呪い」をはらう為に「呪い」を学ぶ学校「東京都立呪術高等専門学校」、通称“呪術高専”の教師であり、最強の呪術師・五条悟が現れ、乙骨を呪術高専に転入させる。
呪いと化した里香によって周りの人々を傷つけてしまう日々を送っていた乙骨は「生きてていいという自信が欲しい」 と、呪術高専で里香の呪いを解くことを決意。 同級生の禪院真希、狗巻棘、パンダと共に呪術師として歩みだすのだった。