ドラえもんとのび太が一緒にいることが日常になった<現在>のある日、のび太は部屋でくまのぬいぐるみを見つける。それはのび太が幼稚園の頃に亡くなってしまったおばあちゃんが繕ってくれた、大切な思い出の品だった。
大好きだったおばあちゃんを思い出し涙が止まらなくなったのび太は、タイムマシンでおばあちゃんに会いに行きたいと提案する。反対するドラえもんだったが、直接会わずに様子を見たらすぐに帰ることを条件に、のび太が3歳だった<過去>へ出発。
会いたい気持ちを抑え陰からこっそり見ていたのび太だったが、おばあちゃんに見つかってしまう。小学生になったのび太の姿に驚きつつ、あの頃と同じく優しく受け入れてくれるおばあちゃん。「あんたのお嫁さんをひと目見たくなっちゃったねぇ」そんなおばあちゃんの一言から、願いを叶えるために<未来>へと向かうのび太とドラえもん。
しかし、結婚式当日、逃げ出してしまった大人のび太。<過去><現在>、そして<未来>を舞台に、ドラえもんとのび太の大冒険が始まる。
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