魔法科高校の劣等生のあらすじ
独立魔装大隊が組織した達也たち飛行兵部隊により、テロリストの部隊は壊滅。さらに「分解」と「再成」という己の能力を存分に使って戦う達也の姿に、敵兵の間には激しい動揺が走る。同じころ、深雪たちは達也の助けによって全員無事にヘリに乗り込んでいた。そのまま横浜を脱出しようとした深雪たちだが、魔法協会支部の危機を知って進路を変更。支部があるベイヒルズタワー屋上には、脱走した呂剛虎が待ち構えていた。
横浜中が戦場と化す中、魔法科高校の生徒たちはテロリストを相手に奮戦。十師族としての務めを果たさんと、十文字は魔法協会支部へ向かい、将輝は義勇軍に参加する。達也を独立魔装大隊に送り出した深雪は、真由美や一般市民とともに避難するが、直立戦車にシェルターへつながる入り口を破壊されてしまう。脱出用ヘリが到着するまでの間、人々をテロリストから守るべく、深雪たちは二手にわかれて撃退に乗り出す。
横浜の各地に次々と大亜連合特殊工作部隊が姿を現し、制圧を開始した。論文コンペ会場も標的となったが、達也がテロリストを撃退。雫の提案を受けてVIP会議室の端末で情報を得たところ、敵の勢力は予想以上に大きいことが判明する。避難する前にデモ機のデータを処分しようとした達也たちは、同じ考えの真由美や十文字たちと合流。今後の方針を話し合う一同の前に、思いがけない人物がやって来る。
をはじめ、大亜連合のスパイたちが捕らえられたことで事件は解決したかに思われた。それでも、エリカたちは論文コンペの警備を達也に申し出て、事件の調査にあたった独立魔装大隊少尉・藤林もまた寿和に警戒を促す。それぞれの思惑が錯綜する中、ついに論文コンペ開催の日がやってきた。一高の発表が始まる中、全国から集まった魔法関係者、そして魔法協会関東支部を狙い、大亜連合の特殊工作部隊が作戦を開始する。
一高のロボット研究部で、論文コンペ用のプログラムをデバックしている中、達也は不意に眠気に襲われる。睡眠ガスを流し込んで侵入してきたのは鈴音とコンペ出場を競った一科生・関本勲。コンペのプログラムを盗もうとするが、異変を察して駆けつけた花音と眠ったフリをしていた達也に取り押さえられる。一方、千秋が保護されている病院を訪れた摩利と恋人の千葉修次は、大亜連合の陳祥山が差し向けた刺客・呂剛虎と遭遇する。
