JIN−仁− 完結編のあらすじ一覧
坂本龍馬（内野聖陽）の悲願であった「大政奉還」が成立し、江戸幕府は、その260年余りの歴史を終了させる。そして南方仁（大沢たかお）は、恋人である友永未来（中谷美紀）が過去に「坂本龍馬は誕生日に死んだ」という史実を話していたのを思い出し、その暗殺日まであとひと月だと気付く。着々と近付く龍馬暗殺に仁は「必ず自らの手で龍馬を助けるのだ」と決心する。
南方仁（大沢たかお）は、坂本龍馬（内野聖陽）と気持ちがすれ違ったまま、長崎から江戸・仁友堂に戻る。一方で、龍馬に関する事を探るように上役（中原丈雄）から命じられた橘恭太郎（小出恵介）は、探りを入れるため、「仁友堂」を訪れていた。あらためて「龍馬暗殺」がいつだったか思い出そうとする仁だったが、正確に思い出せないでいたが、またしても頭痛が仁を襲う。
南方仁（大沢たかお）は、ペニシリンの普及のため長崎の精得館で講義をする。長崎まで来たのはペニシリンを広めるだけではなく、坂本龍馬（内野聖陽）に会い暗殺の事を伝えようと決心したためだった。だが、龍馬に会えず半ば諦めかけていたその時、突然仁の前に龍馬が現れる。ようやく龍馬に会うことが出来たと喜んだ仁であったが、そこで出会った龍馬は仁の知っている龍馬ではなかった。
薩摩藩預かりの身となった坂本龍馬（内野聖陽）は、仲間と共に「亀山社中」という海運商社を立ち上げる。さらに、同じく土佐の脱藩浪人で、長州藩の預かりとなっている中岡慎太郎（市川亀治郎）と出会い、意気投合。二人で長州と薩摩の和解を目指し、走り回っていた。ある日、ペニシリンの粉末化を模索している南方仁（大沢たかお）の元へ、多紀玄？（相島一之）がやって来る。
“脚気（かっけ）に効く菓子”として、南方仁（大沢たかお）の考案した安道名津（あんドーナツ）が江戸で評判となる。仁は、奥医師でもある西洋医学所の松本良順（奥田達士）から、脚気の疑いがある皇女和宮（黒川智花）に、安道名津を献上してほしいと頼まれる。あまりの光栄な出来事に、橘咲（綾瀬はるか）をはじめとする「仁友堂」の面々が大喜びする中、再び歴史を変えてしまうことに躊躇（ちゅうちょ）が生まれ、仁はひとり思い悩む。
南方仁（大沢たかお）が幕末の江戸時代に迷い込んでから、2年ほど経った。落ち込む橘咲（綾瀬はるか）の様子が気になり、咲の実家を訪ねた仁は、咲の兄・橘恭太郎（小出恵介）から、咲の母・栄（麻生祐未）が脚気（かっけ）であることを明かされる。何とかして栄を助けたいと考えた仁は、甘いものが好物だという栄のため、とあるお菓子をこしらえて脚気治療を行おうとする。
