BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONSのあらすじ一覧
激闘のさなか、カワキの不安が的中し、突如ボルトがモモシキに意識を乗っ取られてしまった。“大筒木モモシキ”としてコードを圧倒するその力に目を見張るカワキ。そこにシカマルを伴ってナルトが到着した。カワキはコードの標的であるナルトの身を案じるが、そんな思いをよそに、ナルトは“火影”としてコードに立ち向かおうとする。ところが、シカマルを人質にとったコードにモモシキが味方をし、かつての恨みを晴らそうとしたことで、ナルトは絶体絶命の危機に立たされてしまう。
カワキのもとにたどり着いたボルトがカワキを助け、ともにコードを倒すことを決めた。高い戦闘力を持つコードに対抗するため、カーマを発動させるボルト。これに対しコードも自身のカーマを発動。戦いは激化し、カワキはボルトが再びモモシキに意識を乗っ取られるのではないかと不安になる。一方、木ノ葉隠れの里では、誰にも気づかれず姿を消したボルトとカワキの行方を探すため、七代目火影・ナルトが、自ら捜索に向かうことを決める。
楔(カーマ)が消えたことで力を失ったカワキは、今のままでは、ナルト自身や“火影”であるナルトが大切に思っている里を守れないと焦っていた。そんなカワキの心を見透かしたように挑発的な言葉をかけるアマドにカワキはいら立ち、アマドの助手としてその場に居合わせたスミレは、アマドが何か企んでいるのではないかと不安になる。そんな中、復讐(ふくしゅう)のためにエイダと手を組んだコードは、エイダからある人物を紹介される。
コードに対抗する力をつけるため、カワキを誘い、ボルトはサラダやミツキとともに修業に励む。ところがボルトたちは、すぐにでも強くなりたいと焦るカワキと修業方針でもめてしまう。一方、ボロの教団施設では、アマドによって造り出され、現在と過去のできごとを自由に見ることができる“千里眼”の能力を与えられたエイダを目覚めさせたコードが、彼女の持つもうひとつの能力に翻弄(ほんろう)される。
ボルトたちが倒した大筒木(おおつつき)イッシキを崇拝する“殻(カラ)”の幹部・コードが、とある人物に会うため、同じく幹部だったボロの教団施設を訪れる。カワキ同様イッシキの“器(うつわ)”となる者を選別する実験で奇跡的に生き残ったコードは、リーダーだったジゲンを超える力を手に入れ、イッシキを破滅させたボルトやカワキたちへの復讐を誓っていた。一方、里のすぐ外でコードが残した痕跡、“爪痕(つめあと)”が見つかった木ノ葉隠れの里では、火影(ほかげ)たちが警戒を強める中、ボルトがカワキからある提案を持ち掛けられる。
ボルトたちがオウガの実験に強制参加させられている中、木ノ葉隠れの里では、いなくなったボルトの行方を探すサラダたちがある資料から怪しげな人物の存在にたどり着いていた。一方、被験者の中にオウガの手下が紛れ込んでいる可能性があると聞いたボルトは、“手下”として名指しされたのが意外な人物であることに戸惑う。そんな中、実験とは関係なく“何者か”の手によって殺された被験者が見つかる。
連絡用のタカを手に入れようとするサスケとともにボルトがタカの訓練士のところにやって来た。ボルトたちはそこで、珍しい動物を売りさばいて金儲けをしている人物がいるという話を聞き、その人物について調べてみることにする。そんな中ボルトは、動物好きな少年、舌切(したきり)ツヅラと出会い仲良くなるのだが、ツヅラは母の方針で学校にも行かず、本当にやりたいこともあきらめてしまっていた。そんなツヅラはケガで飛べなくなった一羽のタカだけを友達にしており、このタカが再び大空を飛べるように大切に世話をしていた。