終末のハーレムのあらすじ一覧
【最終回】混沌とした中、各勢力の動きが活発化する。成長促進器によって変貌を遂げた翔太は、クロエと怜人のことを探るため、花蓮とともに怜人に接触する。怜人は美来を呼び出し、UW日本支部からの脱出を提案。何が本当で、何が嘘なのか、一緒に確かめたいと話す怜人だが、美来からある条件を突きつけられる。それは、美来とのメイティングだった。美来の切実な想いに、牙を剥く世界に、怜人はどう向き合うのか。
テロリストの襲撃を受けながらも一命を取りとめた翔太は、花蓮から真実を明かされる。自分以外にも抵抗力を持つ男性が存在すること、花蓮が抱いている野望について。それを聞いた翔太は花蓮への協力を申し出る。UW世界本部に保護された怜人は、クロエから絵理沙がテロリストの一味だと明かされる。それでも絵理沙を信じたい怜人だったが、絵理沙たちのグループもまた不穏な動きを見せ始める。
ナンバーズを巡り、世界は大きく動き出そうとしていた。UW世界本部は、公表された怜人以外にも抵抗力を持つ男性が隠されていることに気づき、日本支部との主導権争いを激化させる。そんな中、翔太は積極的にクラスメイトとメイティング。だが、クラスメイトの中には外部の勢力に内通する少女が紛れていた。一方、第三病院への潜入に成功した怜人たちは、そこで意外な人物に出会う。
谷口から日本初のMKウイルス感染者であった夫について聞き出せると思われた矢先、谷口の容態が急変したことで調査が行き詰まる。しかし、彼女から預かった写真立てが絵理沙の残したスマートリングと反応。データを確認すると、それはMKウイルスの作成法に関する論文だった。一方、日々にマンネリを感じ始めた火野は、新たなメイティング候補を探すが…彼が惹かれたのは怜人の妹・まひるだった。
ワクチン開発が思うように進まない怜人。さらにメイティングを避けてきたことで美来が更迭、新たな担当官として片桐麗亜と黒田マリアがやってくる。慶門市へ向かう道中、研究者でもあるマリアにMKウイルス人工説をぶつけると、慶門市にはその手掛かりとなる重要人物がいると明かされる。期待に胸を膨らませ、怜人が旅館の温泉に入っていると、そこに女性陣がやってきて彼女たちの体を洗うことに…。
柚希と逢瀬を重ね、その魅力に取りつかれる翔太。その一方で、水泳の授業中に熱っぽい視線を浴びたり、たまたま裸を見てしまったり、とクラスメイトを意識することも増える。そんな中、花蓮から女子寮の空調が壊れたため、翔太の部屋に交代でクラスメイトを泊めて欲しいとお願いされる。最初にやってきたのは一条奈都は、一人では着替えすらできず、誰かと一緒でないと眠れないという浮世離れしたお嬢様だった。
2040年、難病の細胞硬化症にかかり、コールドスリープすることになった医学生・水原怜人は幼なじみ・橘絵理沙と再会を約束し、長い眠りにつく。だが5年後、目覚めると世界は一変していた。MKウイルスによって99.9%の男性が死滅していたのだ。ウイルスへの抵抗力を持つ怜人は、絵理沙にうり二つの担当官・周防美来からある依頼をされる。それは人類の存続のため、残された女性たちとメイティング（子作り）することだった…！
