◆<ヱヴァンゲリヲン新劇場版:序>
未曽有の大災害「セカンドインパクト」の爪痕を残した地球を目指して第4徒が襲来し、人類の命運は特務機関ネルフに委ねられた。
14歳の少年・シンジは、連れられたネルフ本部でエヴァンゲリオン初号機に乗り使徒と戦うことを強要される。
言われるがまま初号機に乗りこんだシンジは使徒を撃退。エヴァ零号機のパイロット・綾波レイとともに、使徒迎撃の任につくが、やがて襲来した第6使徒は初号機に大損害をあたえる。
◆<ヱヴァンゲリヲン新劇場版:破>
ネルフの基地・ベタニアベースで発掘された第3使徒をエヴァ仮設5号機で倒す、真希波・マリ・イラストリアス。
一方、日本には式波・アスカ・ラングレーとエヴァ2号機が到着し、第7使徒を撃滅した。そして第8使徒が衛星軌道上から飛来し、ネルフ本部を襲撃。3機のエヴァが連携する作戦でこれを迎え撃ち、孤立気味だったアスカも仲間の存在に目覚め始める。
ところが、起動実験中のエヴァ3号機が第9使徒に乗っ取られてしまう。
◆<ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q >
14年の歳月を経て目覚めたシンジは、ミサトら元ネルフ職員が新たなクルーを加えて結成した反ネルフ組織“ヴィレ”の戦艦AAAヴンダーにいた。
初号機から発見されたのはシンジひとりで、綾波レイはいなかった。だが、シンジ奪還のため急襲を仕掛けてきたEVAMark.09からレイの声を聞いたシンジは、ネルフへと向かう。
そこで出会った渚カヲルに導かれ、変わり果てた大地の姿を見たシンジは、レイを救出したことをきっかけに「ニア・サードインパクト」が起き、地球に甚大な被害を与えたことを知るのだった。
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