精神医療研究所で開発された“DCミニ”は、他人の夢を共有できる画期的テクノロジー。そのDCミニが何者かに盗まれる事件が発生。その日を境に、研究所の関係者たちは一人、また一人と奇怪な夢を見るようになり、精神を侵されてしまう。
謎の解明に立ち上がったのは、若く美しいセラピスト・千葉敦子。彼女には、極秘のセラピーを行う際に使う“夢探偵パプリカ”というもう一つの顔があった。パプリカとしてクライアントの眠りの中に姿を現す時、彼女は容貌も性格も一変。キュートで開放的な少女となり迷える心を導いていく。
“夢のテロリスト”のたくらみを暴くため、狂ったイメージが氾濫する夢の中へと飛び込んでいくパプリカ。だが、彼女を待っていたのはゾッとするほどおぞましい罠だった。やがて物語は驚くべき結末へと突き進んでいくことに…。
いつとも知れない未来。私立探偵のヒゲオヤジとケンイチ少年は、ある事件を追って人間とロボットが共に暮らす超近代的な巨大都市国家「メトロポリス」へやって来る。目的は、生体を使った人造人間の開発で問題となり、国際指名手配になっているロートン博士を探すことだった。
だが、ロートンの秘密研究所が何者かに放火され、捜索のため現場近くにいたケンイチは、逃げ遅れた不思議な少女・ティマを救う。記憶を無くしたのか「ワタシハ、ダレ…」そうつぶやくティマ。ロボットと人間の、そしてメトロポリスの運命が自分に託されていることを、ティマはまだ知らなかった…。
超高度ネットワーク社会の中で、より複雑・凶悪化していく犯罪に対抗するため、政府は隊長・草薙素子少佐を始めとする精鋭サイボーグによる非公認の超法規特殊部隊を結成。公安9課・通称「攻殻機動隊」が誕生する。
ある日、某国情報筋から攻殻機動隊に警告が発せられる。EU圏を中心に出没し、株価操作、情報操作、政治工作、テロなどで国際手配中の通称“人形使い”が日本に現れるという。素子は犯罪の中に見え隠れする“人形使い”の影を追う。
シロツグ・ラーダット。彼は戦わない軍隊「王立宇宙軍」の兵士。この30年の歴史を誇る宇宙軍も政府には見放され、今では人間どころか人工衛星すら満足に上げられない状態。いつしかシロツグは、宇宙への夢も遠ざかり訓練もさぼり放題の日々を送っていた。
そんなある日、街で神の教えを説くふしぎな少女・リイクニに出会ったことで、シロツグの運命は大きく変わる。シロツグは仲間の兵士の反対にもめげず宇宙パイロットに志願し、かくして「王立宇宙軍」の威信と名誉挽回の宇宙飛行計画が開始される…。
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