6年前(2000年)、内戦中のペナムスタンへ軍事介入していた米軍の「特殊部隊」のヘリが墜落した。
同作戦地域にいた米軍の「マッドドッグス」隊は、司令室の待機命令に背く形で生存者の救助に向かうがすでに「特殊部隊」は壊滅。隊長ジェイソン(日本語吹き替え:立木文彦)が率いる「マッドドッグス」隊も命からがら脱出することになる。
しかし、ジェイソンらが現場で見たものは、死んだはずの「特殊部隊」が不気味に動き出す様子だった。
月日は流れて現在(2006年)、ホワイトハウスの極秘ファイルに不正アクセス事件が発生する。
その捜査のため召集されたレオン・S・ケネディ(日本語吹き替え:森川智之)、“ペナムスタンの英雄”ジェイソンを含むエージェント4名は、突如停電したホワイトハウス内で正体不明のゾンビたちと遭遇。SWATと共にそれらを制圧する。
その後、極秘ファイルは中国・上海の生物科学研究所に関するものだと判明し、手掛かりを求めレオンら3名のエージェントが捜査に向かうことに。
だが最新鋭の潜水艦で上海へ向かう途中、突如現れたネズミ型B.O.Wの襲撃を受け、窮地に立たされてしまう。
一方、テラセイブ職員のクレア・レッドフィールド(日本語吹き替え:甲斐田裕子)は、難民支援のためペナムスタンに在留中、失語症の少年が描いた奇妙な絵と出会う。
ウィルス感染者を描いたと思われるその絵をきっかけに独自の捜査を進めるクレア。そしてペナムスタン内戦時に実施された、ある恐ろしい実験にたどり着く。
思いがけぬ真実、そしてペナムスタンに端を発した事件の真相に近づくレオンとクレア。さらにに、平和を覆す恐怖の発露が迫っていることが発覚する。
この記事の関連情報はこちら（WEBサイト ザテレビジョン）