ついに明かされた壁の外の真実と、巨人の正体。ここに至るまで、人類はあまりにも大き過ぎる犠牲を払っていた。それでもなお、彼らは進み続けなければならない。壁の外にある海を、自由の象徴を、まだその目で見ていないのだから。
―――やがて時は流れ、一度目の「超大型巨人」襲来から6年。調査兵団はウォール・マリア外への壁外調査を敢行する。壁の中の人類が、初めて辿り着いた海。「壁の向こうには海があって、海の向こうには自由がある。ずっとそう信じてた……」エレン・イェーガーの物語は、新たな局面を迎える。
降りしきる雨の中、一人の兵士が倒れている。その横には、謎の巨人の中からはい出してきた男がいた…同じ頃、始まりの地・シガンシナ区では、マーレが奇襲を仕掛け、巨人たちが動き出す。そして始祖の巨人と鎧の巨人が再び対峙する。