「アッシュ・リンクス(水江)の死亡が確認された」…そのニュースは瞬く間にニューヨーク中のストリートギャングに広まった。しかし、拘留されていた奥村英二(岡宮)とシン・スウ・リン(椎名鯛造)の元に現れたユーシスこと李月龍(佐奈宏紀)は「あの男があのくらいで死ぬと思うか？」と彼らに問いかける。同じ頃、マックス・ロボ(内田朝陽)と伊部俊一(冨田昌則)も、アッシュの生存を信じて行動していた。
表向きを国立精神衛生センターとして「バナナフィッシュ」の研究を行っている施設に拘束されていたアッシュは、辛くも脱出に成功し英二や仲間たちと合流する。一方、イタリアから帰国したディノ・Ｆ・ゴルツィネ(赤星昇一郎)はユーシスと手を組み、新たな企みを進めていた。そこに現れたのは、かつてアッシュの師としてあらゆる戦闘手段の手ほどきをしたプロの殺し屋、ブランカ(藤田玲)。さらにゴルツィネは、対ゲリラ戦のエキスパートであるエドアルド・L・フォックス(谷口賢志)を雇い、執念深くアッシュを駆り立てるのだった。
共にあることを希い、命懸けで運命に抗おうとするアッシュと英二。魂でつながれた2人を待ち受ける未来とは。