1989年3月に公開された初めての劇場版「それいけ！アンパンマン キラキラ星の涙」から数えて、劇場版シリーズ33作目となる今作の舞台は、どんなものにも変身できる、かわいくて愉快なオバケたちの街“オバケタウン”で開催される祭り「バケールカーニバル」。
子どもたちは、遊園地のような華やかなワクワクするバケールカーニバルを楽しむが、変身が苦手なオバケの男の子・ドロリンだけは、楽しむことができず、独りぼっちに。そんなドロリンはクリームパンダと出会い、時にぶつかり合いながらも絆を深めていく。
彼らは世界一の変身パワーを秘めたマント「まっくろマント」を探しに“おぞましの森”へと向かうが、そこにばいきんまんが現れ、マントの力でバケールカーニバルをめちゃくちゃにしようと大暴れ。アンパンマンたちは、ばいきんまんから楽しいバケールカーニバルを守ろうと奮闘する。