主人公・美月(幸澤沙良)が通う都立荒川西高校。夏休み明けの二学期を迎えた2年D組の新学期初日。HRが始まり、担任の国語教師の立花(柄本時生)が、突然「手紙ゲーム」の始まりを告げる。
ルールは簡単。クラスメート宛に「手紙」を書き、ポストに投函する。「手紙」の差出人は記載しなくていいから本音を書くことがルールだという。あくまで授業の一環で、二学期中に必ず全員が最低一人一通「手紙」を書くことが課せられ、クラス全員がそれぞれクラスメートへの「手紙」を書くことに。
はじめは悪ノリやくだらない手紙が多かったが、「いじめの告白」をした手紙をきっかけに秘密の暴露や告白などが増えてきて、「差出人は誰なのか？」「次は誰が名指しされるんだろう？」と興味を持ち始める美月たち。
これまで全く関心のなかったクラスメートの知られざる悩みや想いを知り、励まし合ううちに少しずつ絆が深まっていく2年D組。そして、美月は自分に宛てられた手紙の差出人を探しているうちに、この「手紙ゲーム」に隠されたある秘密を知ってしまう。