個性的なメンバーが集結したニューヨーク市警CSI。シーズン1の第1話では、リバー・カフェ地区で20代後半の白人女性の死体が発見される。CSI捜査班は、死体の状況から、どこか別の場所で殺害されたものと断定するも、検死解剖ラボからは脳卒中による死亡で死後4日経っているとの報告があがる。しかし、時を同じくしてもう一体の女性の死体が発見され、死体の状況から連続猟奇殺人の疑いが濃厚に――。
シーズン2の第1話では、大勢のニューヨーカーが見守る中、エンパイア・ステートビルの外壁を素手で登っていた男が転落する。落ちた男の行方を追うと、彼はビルの途中で911に電話を掛けたことが判明。また、彼の指紋は34階の法律事務所の窓で途切れており、CSIはその法律事務所のクローゼットで死体を発見する――。ちなみにシーズン2からは、検視官のホークスが捜査官としてチームに加わる。
シーズン3の第1話では、ブルックリン･ブリッジに不法侵入していたカップルが血だらけで助けを求める男に遭遇する。通報を受け現場にかけつけたマックは、付き合い始めたばかりの検死官ペイトンと同じ事件を担当することに。一方ダニーとホークスは、自宅のペントハウスで痣だらけで死んでいたヴァネッサ・メイの事件を捜査する――。
シーズン4の第1話では、ペイトンとの休暇を終えたマックが事件現場へ呼び出される。そして、自由の女神で警察への挑戦状ともとれる仕掛けを発見するマック。被害者の家に向かったステラは、そこが１年前の未解決事件の現場だと気づく。拷問のあとや次の被害者の映像が発見され、未解決だった事件にヒントがあると考えたステラは再捜査を始める――。
シーズン5の第1話では、シーズン4のラストで銀行強盗に拉致されたマックがハドソン川に沈んだ車から脱出し生還する。車内には支店長夫妻殺害の第一容疑者デリック・ジェームズの死体があったが、マックは何があったか思い出せない…。死因は銃創によるもので、奇妙な撃たれ方をしていることが気にかかる。さらに、マックの衣服からも潰れた銃弾が転がり落ちたことで、マックも撃たれていたことが発覚する――。
シーズン6の第1話では、CSIメンバーがバーで銃撃戦に巻き込まれてしまう。その事件でダニーは脊椎を損傷し、車椅子生活を余儀なくされていた。銃撃犯の手掛かりをまったく得ることができず、焦りを募らせるマック。そんな中、情報ラインに匿名の女性から電話が入る。ダニーはマックに連絡し、女性に合うべく指定されたオフィルビルへと向かうが、彼女は目の前で射殺されてしまう――。
シーズン7の第1話では、シーズン6で見張りの巡査を殺害して逃走中だったシェーンが自宅に侵入してきたところをリンジーが射殺する。リンジーは勲章を授与されるが、人を殺した時の記憶に苦しんでいた。その後、ステラはニューオーリンズのCSI主任になり、代わりに元FBIのジョー・ダンヴィルが着任する。リンジーの授与式のため誰も居ないラボに到着したジョーは、そこで若い女性の死体を発見する――。
シーズン8の第1話では、同時多発テロから10年が経った2011年9月11日を迎え、チームのメンバー各々が10年前の事件を思い出していた。そんな中、巡査部長としてパトロール班を率いるダニーから“バーの用心棒が射殺された”という報せが入る――。
シーズン9(ファイナルシーズン)の第1話では、シーズン8のラストで強盗に襲われたマックが、後遺症で失語症に悩まされる様子が描かれる。そんな最中、マックの友人カーティス・スミスが放火による火災で殉職する。そして刑期を終えたばかりの放火犯レナード・ブルックスが容疑者として浮かび上がるのだが、ブルックスは突如失踪してしまう――。また同シーズンでは、事件と並行してメンバーそれぞれが抱えるプライベートな問題も完結を迎える。
衝撃的な事件をはじめ、ミステリアスな現象や感動の結末など、見どころのある様々な要素が詰め込まれている「CSI：ニューヨーク」。現在、動画配信サービス「Hulu」にてシーズン１～9まで配信中だ。
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