ディーン・フジオカ演じる警察官僚・小比類巻と、岸井ゆきの演じる天才科学者・最上がタッグを組み、最先端科学にまつわる様々な事件を解決していく謎解きサイエンスミステリー「パンドラの果実〜科学犯罪捜査ファイル〜」。約2年ぶりの新作として「最新章SP(スペシャル)」が6月16日に日本テレビ系で放送され、現在Hulu、TVerで見逃し配信中。さらにHuluでは、Season3が独占配信中だ（全5話／毎週日曜日に新エピソード更新）。そこで本記事では、シリーズ最新作となる最新章SPとSeason3をより楽しむために、Season2のあらすじや見どころについて振り返っていく。(以下、一部ネタバレを含みます)
新感覚の謎解きサイエンスミステリー「パンドラの果実」。地上波放送されたSeason1からさらにスケールアップしたSeason2では、交通整理中の誘導員の1人・別所が突然暴れ出し、人間とは思えない怪力で他人を投げ飛ばし惨殺、自らも亡くなるという恐ろしい事件からスタートする。
小比類巻（ディーン・フジオカ）が室長を務める科学犯罪対策室に、格闘技が得意な新人捜査官・奥田（吉本実憂）も加わり、事件の捜査を開始。調べを進めていくと、凶暴化した別所は半年前、医師の九竜（升毅）からワクチン接種を受けていたことがわかる。九竜は最上(岸井ゆきの)のアメリカ時代の恩師で、現在はテクノロジー企業「ライデングループ」の研究機関に所属していた。事件との関連性を調べるため科学犯罪対策室が同社の日本支部を訪ねると、なんと九竜は事件と同時期に失踪していた。
さらにDNA鑑定によって別所の遺体のDNA配列に異常があることがわかり、小比類巻は、九竜が別所に対してゲノム編集を行なったのではないかと推測する。
そんな時、突然最上が何者かに拉致されてしまう。目を覚ました最上の傍には九竜の遺体が横たわっており、そして最上の手にはなぜか刃物が…。その後、公安の手塚(池内万作)が介入してきて、状況証拠から最上は現行犯逮捕されそうになってしまう。最上は隙を見て逃走するが、そこから公安に追われる身となる…。
科学犯罪対策室チームは、別所の凶暴化現象について捜査しながら、最上の無実も証明しようと動き出すが――。調査の結果、“公安とライデングループの沢田(平山浩行)が繋がっている”ことが明らかになる。そしてどうにか公安の追手をかわしながら小比類巻との接触に成功した最上は、小比類巻に「パクス計画について調べてほしい」と依頼する。
小比類巻が調べたところ、今回別所が凶暴化した原因となる「パクス計画」とは“犯罪者矯正プログラム”のことだった。凶悪犯罪者の遺伝子から犯罪を起こしやすい遺伝子の変異を特定し、修復することで暴力性が抑えられ、再犯率が下がるという仕組みだ。
パクス計画では、厚労省から多くの天下りが行われているライデングループが窓口を担当しており、莫大な資金を投じられるほど期待されていたが、このワクチンは一点、“被験者が極度のストレスを受けると凶暴化してしまう”という欠陥を持っていた。
当時計画を担当していた九竜はこの欠陥について指摘したが、ライデングループは“些細なエラー”としてこれを隠蔽し、九竜を消すことでこのことが明るみに出ないように仕向ける。ライデングループ、公安、そして厚労省が裏で手を組んでいることが発覚し、物語はさらに複雑になっていく――。
第4話では場面が変わり、とある施設から少年2人が脱走した。2人は途中で捕まってしまうが、連れ去られた車内で抵抗したため運転手がハンドル操作を誤り、その結果事故を起こしてしまう。少年の1人・ハルトは命を落とすが、もう1人のナオキ(國島誠雅)はジャーナリストの郡山(深水元基)に助けられた。
小比類巻たちがハルトの遺体を調べたところ、身体は少年だが、そのDNAは62歳の国会議員・葛原善治と一致。しかも遺体には腎臓が一つなく、首にはマイクロチップが埋め込まれていた。
小比類巻は“臓器移植のためのクローン”ではないかと推測し、事故現場から見つかったもう一人の遺体の身元から、ライデングループが今回も絡んでいるのではないかとにらむ。そんな中、小比類巻のもとに、ナオキを助けた郡山が接触を図ってくる。郡山いわく、ライデングループは“養護施設”という名目で、身寄りのない子供たちを集め管理しているとのことだった。
最終話では、ナオキのオリジナルの存在が明らかになるほか、ライデングループが臓器移植以外に驚くべき目的を持って子供たちを管理していたことも判明。そして、ラストではSeason3に繋がるような“キーパーソン”も登場する。
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