杉下右京(水谷豊)が「警視庁150年史」のまとめを命じられる中、元・国家公安委員長で現在は衆議院議員を務める芦屋満(並樹史朗)が殺害される事件が発生。さっそく臨場した右京と亀山薫(寺脇康文)は、一課の捜査を横目に動き出す。
一方、事件を受けて、政治の中枢にも衝撃が走っていた。「キングメーカー」の異名を持つ与党幹事長の利根川吉伸(でんでん)にとっては、支持率が低迷する総理大臣の藤原龍一(柴俊夫)に見切りをつけようとしていた矢先の青天の霹靂。また、内調のトップである社美彌子(仲間由紀恵)から一報を受けた藤原も、解散総選挙という窮余の策を封じられ、ショックを隠せないでいた。
現場に残された手掛かりを追っていた右京と薫は、思わぬ人物と遭遇する。それは、かつて右京が事件を通じて知り合い、新たな人生への一歩を手助けした高田創(加藤清史郎)という青年だった。現在、警察官として地域課に勤務する高田は、付近で不審な人物を見掛け、追い掛けていたという。高田の情報から新たな手掛かりを得た右京と薫は、手分けして事件を追うことに。今回の捜査に前のめりの高田は、同じ交番勤務の先輩・仁科征司(内野謙太)との関係も良好で、すっかり警察官の顔になっていた。
しかし、その後、事件は異様な展開を見せ始める。今から約150年前、警察黎明期に起きた、時の内務卿・大久保利通暗殺など、当時の緊急事態をなぞるかのような重大な事件が次々に起きる。