東京湾・羽田沖で、突如東京湾アクアトンネルが巨大な轟音とともに大量の浸水に巻き込まれ崩落する。事故の原因は不明…。
首相官邸では大河内総理大臣(大杉漣)ら閣僚による緊急会議が開かれる。「崩落の原因は地震や海底火山」という意見が大勢を占める中、内閣官房副長官・矢口(長谷川博己)だけは、海中に棲む巨大生物による可能性を指摘する。
内閣総理大臣補佐官・赤坂(竹野内豊)らは議論に値しないものと黙殺するが、直後に海上に巨大不明生物の姿が発見される。
騒然となる政府関係者が情報収集に追われる中、謎の巨大不明生物は上陸。次々と街を破壊し、日本は壊滅へと突き進んでいく。緊急対策本部を設置した政府は、自衛隊にも防衛出動命令を発動。
さらに米国大統領特使としてカヨコ・アン・パタースン(石原さとみ)が派遣され、世界も注視し始める。巨大生物の正体は何なのか、その生態は、そしてどのようにして倒すべきなのか? 日本を守るための矢口らの長い長い戦いが幕を開ける。
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