1000年ぶりとなる彗星の来訪を1カ月後に控えた日本。山深い田舎町に暮らす女子高校生・三葉(声・上白石萌音)は、町長である父の選挙運動や、自らの家系である神社の古き風習など、すべてが嫌でたまらず、都会への強い憧れを抱いていた。
そんなある日、三葉は自分が東京の男子高校生になる夢を見て、念願の都会生活を満喫。しかもその夢は度々、繰り返される。
一方、東京で暮らす男子高校生・瀧(声・神木隆之介)も、山奥の町に住む女子高校生になる、という奇妙な夢を見ることが多くなる。
夢の中で自分たちの体が入れ替わっていることに気付いた2人は、力を合わせてその状況を乗り切ろうとする。お互いの気持ちが打ち解けてきた矢先、入れ替わりが突如、途切れてしまう。
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