小学生のタカキ(声:水橋研二)とアカリ(声:近藤好美/尾上綾華)は、特別な思いを抱きあう仲だった。しかし卒業と同時に、アカリの引越しにより2人は離れ離れになってしまう。
中学生になり文通を重ねる2人だが、今度はタカキの鹿児島への転校が決まる。引っ越す前にアカリに会おうと、大雪の中タカキはアカリの元へ向かうが…。
時は過ぎ、種子島で高校3年生になったタカキは、同じクラスのカナエ(声:花村怜美)に好意を寄せられながらも、ずっと遠くを見つめていた。カナエにとってタカキは、一番身近で、遠い憧れだった。
やがて東京で社会人になったタカキは、仕事に追われ日々輝きを失っていく街並みを前に、忘れかけたあの頃の記憶に思いを巡らせる。
ある日、父の形見の鉱石ラジオから聴こえてきた不思議な唄。その唄を忘れられない少女・アスナ(声:金元寿子)は、地下世界・アガルタから来たという少年・シュン(声:入野自由)に出会う。2人は心を通わせるも、シュンは突然姿を消してしまう。
「もう一度あの人に会いたい」と願うアスナの前に、シュンと瓜二つの少年・シン(声:入野自由・二役)と、妻との再会を切望し、アガルタを探す教師・モリサキ(声:井上和彦)が現れる。
そこに開かれるアガルタへの扉。3人はそれぞれの想いを胸に、伝説の地へ旅に出る。
靴職人を目指す高校生・タカオ(声:入野自由)は、雨の朝は決まって学校をさぼり、公園の日本庭園で靴のスケッチを描いていた。
ある日、タカオはひとり缶ビールを飲む謎めいた年上の女性・ユキノ(声:花澤香菜)と出会う。2人は約束もないまま雨の日だけの逢瀬を重ねるようになり、次第に心を通わせていく。
居場所を見失ってしまったというユキノに、彼女がもっと歩きたくなるような靴を作りたいと願うタカオ。六月の空のように物憂げに揺れ動く互いの思いをよそに、梅雨は明けようとしていた。
日本が南北に分断された、もう一つの戦後の世界。青森の少年・ヒロキ(声:吉岡秀隆)とタクヤ(声:萩原聖人)は、ユニオン占領下の北海道にそびえる謎の巨大な「塔」まで飛ぼうと、自力で小型飛行機“ヴェラシーラ”を組み立てていた。
2人は憧れの少女・サユリ(声:南里侑香)とある約束をするが、中学3年の夏、サユリは突然転校してしまう。
3年後、ヒロキはサユリがあの夏からずっと原因不明の病により眠り続けたままなのだということを知る。
サユリを永遠の眠りから救おうと決意し、タクヤに協力を求めるヒロキだったが…。
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