白昼の野外クリスマスイベント会場で発砲事件が発生する。歳末パトロールに当たっていた右京と亘は、銃声を聞き現場に急行。しかし、2人が目にしたのは血痕のみで、犯人のみならず、撃たれた被害者までもがその場から姿を消していた。
使用された拳銃は制服警察官に支給される「サクラ」である可能性が浮上。捜査員が特定を急ぐ中、広報発表を急かされた美彌子は銃に関する詳細を伏せて会見を開く。
ところが、その最中に気象庁の緊急災害速報メールの発信元がハッキングされ、交番で警察官が拳銃自殺し、そのサクラが無くなっていることが分かる盗撮映像が一般市民に拡散されてしまう。
サイバー犯のハンドルネームは「QTES689」。青木年男(浅利陽介)は、盗撮に利用された交番のパソコンから手掛かりを探ろうとするが、作業を始めた途端に自爆プログラムが作動。全てのデータは完全に消去されてしまう。
捜査本部が銃撃犯を追う中、右京は拳銃自殺した警察官について調べ始める。一方で亘は、撃たれた被害者の行方をつかむため、改めて現場近辺での聞き込みを開始。有力な情報を手に入れるが、その矢先に意外な人物が亘の前に姿を現す。
その後、特命係の2人は、半年前から行方不明になっている高校生の椎名智弘(小原唯和)が、失踪前日に発砲事件で消えた被害者と接触していたという目撃証言を独自に入手。智弘にはコンピューターのセキュリティーの脆弱性を見つける大会で優勝歴があり、その時にチームを組んだ上条喬樹(健太郎)と富樫航太(山下真人)も、智弘と同じ日から消息が不明になっていた…。
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