“超高校級の絶望”による「人類史上最大最悪の絶望的事件」によって、かつて世界は崩壊まで追い詰められた。そんな絶望に満ちた世界を救うべく、“未来機関”が結成される。
江ノ島盾子を倒した苗木誠たち78期生は、未来機関に所属することになった。
そこで世界の復興のため活動を続けるが、苗木は「絶望の残党」をかばったとして反逆の罪に問われてしまう。苗木の処分のため集まった未来機関一同だったが、モノクマによって監禁され、「最後のコロシアイ」を突きつけられる。希望が希望を殺す絶望の物語が始まる。
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