シーズン15第11話(2017年1月11日放送)では、衣笠副総監の娘・里奈(桜田ひより)が殺人事件の目撃者に。その事件をきっかけに、衣笠家がかつて不可解な脅迫事件に見舞われたという過去の出来事も明らかになった。
この時の事件は特命係が解決したものの、過去の脅迫事件はいまだ未解明のまま。特命係は、再びその謎と対峙することになるのだろうか。
サイバーセキュリティー対策本部の特別捜査官・青木年男(浅利陽介)は、元々大の警察嫌いで、シーズン14第15話(2016年2月10日放送)では、目撃証言を巡って特命係とひと悶着起こした。
そもそも警察嫌いになったのは、警察官である父親の影響らしいのだが、現職に再就職する際には、衣笠藤治副総監(大杉漣)と竹馬の友である父親のコネを使ったという経緯も。青木の父がどんな警察官で、なぜこれほどまでに彼が警察嫌いになったのか。その背景が明かされる時がくるのだろうか。
シーズン15第18話(2017年3月22日放送)で、美彌子が訳ありなシングルマザーであることを報じたのをきっかけに、特命係が首を突っ込んだ事件に何かと絡んでいる写真誌・週刊フォトスの記者・風間楓子(芦名星)。
どんな相手にも物怖じせず大胆に切り込んでいく度胸はかなりのもの。そして、300回記念のエピソードでは、記者として“ある大物”とパイプを持っていることが判明。彼女がなぜ、スクープをものにできるのか。その情報源についても、謎が残されている。
享(成宮寛貴)が起こした連続傷害事件をきっかけに、警察庁No.2の次長職から、閑職といわれる警察庁長官官房付のポストに事実上降格された甲斐峯秋(石坂浩二)。
放送中のシーズン16第1話(2017年10月18日放送)では、衣笠副総監の策略により、特命係の指揮統括を押しつけられたが、峯秋自身は逆にそれを利用しようと考えている節も。同エピソードのラストでは、衣笠副総監に向けて「君を後悔させることにならなければいいんだが」という意味深な発言を。権力復活を虎視眈々と狙う峯秋の見えざる胸中も大きな謎をはらんでいる。
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