1936年に雑誌「少年倶楽部」で連載が始まり、全26巻が刊行された江戸川乱歩のベストセラー「少年探偵団」シリーズ。これまで数多くの映画やドラマが作られてきた、このシリーズが新たな物語として生まれ変わる。
物語の主人公・小林芳狼は少年探偵団初代団長・小林少年のひ孫。そんな芳狼の目の前に10年間行方をくらましていた怪人二十面相が姿を現す。
二十面相は「約束の時は近い」とだけ言い残し、去って行く。果たして、二十面相の言う「約束」の真意とは…?
やがて、芳狼の周りで次々と怪事件が起こる。学園七不思議の一つ「青毛布の者」騒動、中等部生徒失踪事件、突如現れる謎の電人。そんな中、芳狼自身も知らない秘められた能力が覚醒する。
芳狼を支えるのは、明智小五郎のひ孫の小夜や、幼なじみのワタリら。あの「少年探偵団」が「超・少年探偵団NEO」として復活する。
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