時は大海賊時代。海賊の墓場という別名を持つ「偉大なる航路(グランドライン)」を通り、海賊王と呼ばれたゴールド・ロジャーが残した富と名声と力の「ひとつなぎの大秘宝(ワンピース)」を手に入れ、海賊王になることを夢見るルフィとその仲間たちは、世界の黄金の3分の1を奪い尽くしたと伝えられる大海賊・ウーナンの黄金を求めて、今日も大海原を進んでいた。
だが、黄金の島を目前に、ウーナンの黄金を狙う海賊・エルドラゴと遭遇。エルドラゴに捕らえられていた謎の少年・トビオもろとも、海へ放り投げ出されてしまう。
何とか、板きれにしがみついて近くを通りかかったおでんの屋台船にたどり着くと、そこでトビオの祖父・岩蔵と出会う。だが、トビオはおでん屋をばかにしており、ウーナンに会いに行って子分にしてもらうのが夢だった。
一方、ナミはエルドラゴの船に潜入し、ウソップはゴーイングメリー号で、それぞれ黄金が眠るとされる島へ上陸を果たしていた。
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