かつて窃盗や暴力事件の常習犯だった黒沢兵悟(福士蒼汰)は、警察も手を焼くほどの巧妙な手口を考え出す異常に高いIQと判断力、身体能力が認められ、兵庫県警本部長の阿久津洋子(りょう)のもと、秘密裏に結成された潜入捜査官チーム、通称・D班の一員になる。その任務は、暴力団や詐欺集団など、さまざまな犯罪組織に潜入して情報や犯罪の証拠をつかむこと。兵悟は、組織犯罪対策課で捜査の指揮を執る伊達直哉(安藤政信)、闇医者の皆本麗子(片瀬那奈)、ホワイトハッカーの宮永壮一(浜野謙太)らD班のメンバーと共に、多少の犠牲もいとわない冷酷非道ともいえるやり方で、悪の根源を駆逐すべく常に命の危険と隣り合わせの潜入捜査を行う。
このところ、兵庫県警の管轄内では、年間被害総額390億円ともいわれる特殊詐欺が多発していた。兵悟は、事件に何らかの形で関与していると思われる闇金業者に潜入。組織の実態をつかむため、闇金会社の社長の海藤武史(杉本哲太)に接触する。
その頃、阿久津のもとには、幼い頃から成績優秀、文武両道で防衛大学を首席で卒業し、海上自衛官としてエリートコースを歩んできた佐根村将(野村周平)が訪ねてくる。阿久津からD班に誘われていた将は、ある真相をつかむために自衛官を辞める決意を固める。
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