閑静な住宅街で、警視庁交通機動隊＝白バイ隊員の出雲麗音(篠原ゆき子)が何者かに拳銃で撃たれる。懸命な手術の結果、一命は取り留めたものの、バイクで転倒した際に右肘を複雑骨折しており、交通機動隊への復帰は不可能と宣告されてしまう。
そんな麗音の元へ、特命係の杉下右京(水谷豊)と冠城亘(反町隆史)がやってくる。至近距離から銃撃を受けた時、人の気配はなかったのかと当時の状況を聞き出そうとする右京たちだったが、麗音はかたくなに口を閉ざす。どうやら交通機動隊の上司から「特命係には話すな」と命じられたようだ。
季節は変わり、秋、麗音が捜査一課に配属されてくる。異例の人事にざわつく捜査一課の伊丹憲一(川原和久)、芹沢慶二(山中崇史)ら。
同時に週刊「フォトス」に、広報課長・社美彌子(仲間由紀恵)を中心とした警視庁の女子軍団「KGB(警視庁ガールズボム)」の会合の様子が掲載され、右京らは麗音の捜査一課配属が美彌子の強い働き掛けと、警視庁副総監・衣笠藤治(杉本哲太)の鶴の一声によるものであることを知る。
実は美彌子は人事に対する口利きの代わりに、「特命係に麗音の事件の再捜査と容疑者の割り出しをさせる」と衣笠に約束。自分たちになんの相談もなく交渉材料に使われたことに不満を示す右京だったが、早速彼女を伴い、捜査を開始する。
そんな中、男性が転落死する事件が発生。調べると男性が生前、暴力団員相手に白バイ警官の銃撃をほのめかしていたことが判明する。恋人の静(日南響子)によると、男性はVRの世界に構築された“仮想国家”に傾倒していたという。
関連を疑った特命係は、仮想国家を築き上げたIT長者・加西周明(石丸幹二)から事情を聞こうと動き出す。右京と亘がVR＝仮想現実の世界で捜査を開始。立ちはだかるのは、謎が多いネットの支配者。現実と仮想空間が交錯する難事件が、特命係を翻弄(ほんろう)する。
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