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第9話 新・科捜研の女3「完全犯罪に利用されたマリコ!!」
弁護士・香月（風間トオル）の妻・小夜子（園英子）がつり橋から転落死した。弁護士・冬美（一戸奈美）は、殺人容疑で逮捕された香月の無実を証明するため、マリコ（沢口靖子）に証拠品再鑑定を依頼。だが、マリコは香月の犯行を示す証拠を次々と見つける。
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第8話 新・科捜研の女3「疑惑の捜索願！母親の遺体を拒否する娘」
山林で白骨死体が見つかった。マリコ（沢口靖子）の検視の結果、頭を殴られた形跡から殺人の疑いが浮上する。身元は主婦・志穂（中井佳代）だと判明。府警に呼ばれた娘の由美（高橋真唯）は、白骨は母だと納得するが、遺体の引き取りを拒否する。
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第7話 新・科捜研の女3「人質になったマリコ 京都〜淡路島，高速バス爆破予告」
バスの乗客を人質に取り、身代金を要求する事件が発生。犯人はバスを停車させると、バスに仕掛けた爆弾を爆破すると脅迫してくる。バスに乗り合わせていたマリコ（沢口靖子）は、乗客と協力し、爆弾を発見。バスの中にあるものだけで爆弾処理に挑む。
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第6話 新・科捜研の女3「VS警察犬ハリー！第三の銃撃犯を追え!!」
銃の売人・真山（辻村綾二）が射殺された。マリコ（沢口靖子）は、真山が死後間もないため、警察犬・ハリーと担当の玲子（伊藤かずえ）とともに犯人を追跡する。だが、犯人はハリーを撃ち逃亡。マリコは、現場に残されたにおいを分析し、犯人特定を試みる。
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第5話 新・科捜研の女3「偽りの血痕！殺意と競演した女」
演出家・太刀川（青山勝）が舞台で幕の下敷きになり死亡した。警察は、舞台監督・栗矢（有薗芳記）を過失致死の疑いで逮捕する。だが、マリコ（沢口靖子）は太刀川の胃の中から睡眠薬を発見。関係者の犯行を疑い、座長・ともえ（川島なお美）らに話を聞く。
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第4話 新・科捜研の女3「悪女の初恋！多すぎる殺人容疑者!!」
バーのマスター・笹山（古瀬川理太）が絞殺された。マリコ（沢口靖子）は笹山の周囲の人物をうそを見つける装置にかけ、犯人を探ることに。だが、検査の対象となった桜子（黒坂真美）ら、4人全員が事件に関係している可能性があるとの検査結果が出てしまう。
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第3話 新・科捜研の女3「不自然な溺死！”京の水”殺人事件!!」
質店の社長・美和（石井苗子）の水死体が発見された。マリコ（沢口靖子）らは、川からは発見されないはずの硬水が肺に大量に残っていたことに疑問を持ち、硬水の出所を調査。マリコは遺体に残された胃の内容物からシェフ・清香（かとうかず子）の店を訪れる。
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第2話 新・科捜研の女3「捜査日誌の罠！覆面パトカー空白の30分」
刑事・味谷（あじたに・菅田俊）が死亡した。胃の中にアサリが残っていたため、マリコ（沢口靖子）は貝毒による毒殺を疑う。が、府警の上層部が圧力をかけ、マリコを捜査から除外。独自に捜査を続けたマリコは刑事・夕紀（ゆうき・国分佐智子）に容疑がかけられていると知る。
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第1話 新・科捜研の女3「京都の祭りに人が死ぬ!!祇園祭を襲う二つの事件！致死率100％の細菌テロ!!マリコが刺された！山鉾町の連続殺人!!」
法医学研究員・マリコ（沢口靖子）が、科学の視点で事件に挑むシリーズ第3弾。感染病に侵された元医師・赤井（蟷螂襲）が病院から逃走した。刑事・土門（内藤剛志）は赤井を追い詰めるが、赤井にかまれ、感染してしまう。マリコは赤井が無差別テロを画策し、感染させたネズミを町に放ったことを知り、ネズミの行方を追う。
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