銀魂(第2期)のあらすじ一覧
土方から手紙を届ける命を受けた鉄之助。だが、道中で過激攘夷集団知恵空党（チェケラとう）にとらわれてしまう。彼らは身分を隠し党に出入りしていた鉄之助が警察の縁者だと知り、彼を人質にとり真選組と見廻組を一気に潰そうとたくらむ。しかし見廻組は人質に構うことなく知恵空党を潰し、さらに鉄之助を預かった真選組に責任を取らせ消し去ろうとしていた。異三郎の狙いを知り憤慨する土方たち。真選組と見廻組の全面戦争が始まろうしていた。
かぶき町ナンバー1ホスト・狂死郎に、彼の経営するホストクラブ「高天原」に呼び出された万事屋一行は、彼がホストを辞めると聞かされる。突然の廃業の理由…それはマダム夜神（やがみ）と呼ばれる、夜の街を制するという謎の貴婦人が先日高天原へ訪れ、また来ると言い残して去ったからだった。彼女の再来店は一見光栄に思えるが、過干渉を嫌う彼女が同じ店に二度来るということは災厄をもたらすという意思表示らしい。彼女の脅威から従業員たちも消え、営業もままならない高天原。銀時らは急きょマダムに対抗できるホスト勧誘を始めるが…。
万事屋、桂、坂本らはフミ子と共に蓮蓬に扮（ふん）し、彼らの拠点要塞（ようさい）に潜入した。闇将軍と恐れられる「米堕卿（べいだきょう）」率いる軍の敷地内には対侍用機動兵器「頑侍（がんさむ）」を配備し、雨で混乱している地球に頑侍で奇襲を仕掛けるのが彼らの狙いだ。地球侵略を阻止するためにも部隊がたどり着く前に頑侍を破壊しなければならない銀時たちだが、緊迫しつつも彼らは蓮蓬軍と打ち解け始める。そこへエリザベスこと、江蓮（えれん）将軍が現れた！
桂と万事屋一行はエリザベスの元カノ・フミ子から彼が姿を消した真相を知る。彼の正体は地球に潜伏し、侵略するためにやって来た幻の傭兵部族「蓮蓬（れんほう）」だった。フミ子は銀時らに蓮蓬から地球を、そしてエリザベスを護ってほしいと頼む。そんな中、江戸では突然降り出した雨に打たれた人が次々エリザベスのような顔になり、プラカードでしか会話できなくなる症状になりパニック状態！ ついに蓮蓬軍による地球侵略が始まってしまったのだった。
