遺留捜査 第1シリーズのあらすじ一覧
最終回 自他殺不明の男性の遺体が見つかる。第一発見者は捜査一課長・加賀見（大杉漣）であることが分かり、曽根（佐野史郎）ら刑事たちは騒然となる。糸村（上川隆也）は現場に落ちていたさびた笛らしきものに着目し、鑑識に回す。現場には争った形跡があり、加賀見への疑惑が深まる。一方、織田（貫地谷しほり）らは被害者の母・登代子（佐々木すみ江）に話を聞きに行く。
定年を迎えた警察官・山崎（鶴田忍）が遺体で見つかる。遺体には激しく争った痕跡があり、腕時計が壊されていた。糸村(上川隆也）は、被害者の鞄の中から就職情報誌を発見するが、上司・斎田（長谷川初範）の話から、山崎は再就職の話を断っていたことが判明。その後、山崎は数日前、ある神社の境内で若い女性とその子供に土下座をしていたことが分かる。
マンションの空き部屋で身元不明の男性の他殺体が見つかる。現場で空のマッチ箱と裏に謎の数字が書かれたレシートを発見した糸村（上川隆也）は、数字が宅配便の追跡番号だと察し、受取人の写真家・智子（馬渕英俚可）を訪問。だが、智子は差出人に心当たりはないが、毎年写真が送られてくると話す。そんな中、被害者が指名手配中の殺人犯であることが分かる。
会社員の男性が刺殺され、現場にはゆがんだ指輪が残されていた。指輪は男性が元妻・容子（星野真里）と離婚の際、数日前に一緒につぶした容子の物と判明。容子は「盗まれた」と主張するが、元夫の生命保険の受け取り人になっており、疑惑の目が向けられる。一方、糸村（上川隆也）は現場にあった梱包された荷物の中で、1枚だけ外に出ていたCDに着目する。
中年男性の遺体が見つかる。所持品などから遺体は辻本（芹沢礼多）という男性と判明。糸村（上川隆也）は、被害者が握り締めていたボタンに着目する。その後、内縁の妻・優樹菜（舟木幸）が遺体を確認すると、衣類や所持品は辻本の物だが、遺体は辻本ではないことが判明。その後、辻本はネットカフェで衣類を盗まれていたことが明らかになる。
飲食店店主・市村（近藤公園）の刺殺体が見つかる。糸村（上川隆也）は店内の写真に写る市村が、どれも手拭いを掛けていることに着目し、手拭いに書かれた文字を解析する。一方、織田（貫地谷しほり）は、市村の弟・瞬（伊藤祐輝）に話を聞きに行くことに。そんな中、市村兄弟には共通の知人・成美（北川弘美）がいることが判明。織田らは成美に市村兄弟のことを尋ねる。
廃工場で貸しビル業社長・宗平（石田太郎）の遺体が発見される。衣服の上から刺されているが、被害者の手のひらには皮下出血があり、自殺か他殺かは解剖結果を待つことに。糸村（上川隆也）は遺体が持っていた「友へ」と書かれたカードに着目。織田（貫地谷しほり）らが筆跡鑑定のために被害者宅を訪れると、カードの文字が被害者の孫の字体と似ていることが分かる。
食品加工会社の営業者のそばで専務の遺体が見つかり、仕事中に起きた事件と推測される。被害者は万歩計機能付きの腕時計をはめていたが、営業車で移動しているにもかかわらず歩数が1万歩以上計測されていたため、糸村（上川隆也）は不審に思う。その後、糸村は被害者の義理の父であり、食品加工会社社長・瀧（江守徹）に会い、話を聞く。
