ごめんね青春！のあらすじ一覧
礼拝堂の火災以降、消息を絶っていたりさ（満島ひかり）の姉・祐子（波瑠）が東高を訪れる。現在フリーライターとして働く祐子は、合同文化祭の様子を特集したいと相談。だが、平助（錦戸亮）らは突然の訪問に困惑し、りさは不満を爆発させていた。そんな中、平太（風間杜夫）が再婚相手のせつ子（麻生祐未）を連れてくる。
村井（小関裕太）の父で東高の理事長でもある晋太郎（津田寛治）は、息子が女子の制服を着ていることを知り、激怒する。平助（錦戸亮）らは事情を説明するが、聞く耳を持とうとしない。さらに晋太郎は共学クラスを解消し、合同文化祭を中止するよう命じる。一方、りさ（満島ひかり）は平助に思いが伝わらず悩む。
平助（錦戸亮）は兄・一平（えなりかずき）から、淡島（坂井真紀）との男女仲を打ち明けられ、怒りをあらわに。一方、中井（黒島結菜）らは文化祭の準備を進めるが、追試や塾などを理由に生徒が集まらず滞っていた。そんな中、中井が転校することを唯一知る海老沢（重岡大毅）は、りさ（満島ひかり）に相談する。
「高校生箱根まで駅伝」が開幕する。りさ（満島ひかり）らが応援する中、第1走者の中井（黒島結菜）を筆頭に、生徒たちは思いを胸に走りだす。実は、中井は自分が転校することを誰にも打ち明けられずに悩んでいた。一方、レースが進む中、平助（錦戸亮）は、停学中の古井（矢本悠馬）に駅伝大会に出場してほしいと話す。
ビル（トリンドル玲奈）と付き合う古井（矢本悠馬）は、交際をねたむ西高生から暴行を受ける。一方で、平助（錦戸亮）を思う気持ちが高まり、悩み始めたりさ（満島ひかり）はシスター・吉井（斉藤由貴）がいるざんげ室を訪れる。そんな中、合同チームで駅伝大会への出場が決まった両校は、平助を筆頭に練習を始める。
三女との合同文化祭が決定し、平助（錦戸亮）らが一息ついていると、りさ（満島ひかり）の父・善人（平田満）が現れ、怒りをぶちまける。困惑する平助らは、善人が怒る理由を聞き出す。一方、神保（川栄李奈）らは合同文化祭に向け会議を行う。さらに、大木（竜星涼）の提案で親睦会を兼ねて水族館へ行くことに。
平助（錦戸亮）とりさ（満島ひかり）は、合同文化祭の打ち合わせをするためバーに向かう。すると14年前の事件以降、行方不明だった同級生のサトシ（永山絢斗）がウエーターとして働いていた。平助はサトシと事件について振り返る。一方、海老沢（重岡大毅）、神保（川栄李奈）らは文化祭の実行委員に選ばれる。
平助（錦戸亮）の提案によって、3年生の1クラスのみ実験的に共学になる。三女の担任になった平助だが、神保（川栄李奈）ら女子生徒にばかにされ、手こずっていた。一方、東高の担任となったりさ（満島ひかり）も男子生徒の指導に苦悩する。そんな中、海老沢（重岡大毅）が阿部（森川葵）との交際を明かす。
宮藤官九郎脚本の学園ドラマ。教師・平助（錦戸亮）が勤める仏教系の男子校、通称・東高と隣接するカトリック系女子校、通称・三女と合併問題で対立。そんな中、両生徒が乗る電車で三女の生徒が盗撮される事件が発生。ぬれぎぬを晴らすため、平助は三女に行くが生活指導のりさ（満島ひかり）に追い返される。
