攻殻機動隊ARISE ALTERNATIVE ARCHITECTUREのあらすじ
激しい電脳戦の末、パイロマニアの身柄を抑えた草薙だったが、パイロマニアの正体と目されていたテロリストの遺体が航空機爆破の墜落現場で発見された。パイロマニアが何者か、その電脳が解析される中で、共同捜査から外された草薙たち部隊は、ホヅミ大佐の身柄の米軍情報部への移送の護衛へとまわる。だが、パイロマニアは収容施設電脳技師を皆殺しにして脱走、ホヅミ大佐と草薙を強襲するのだった。その電脳に残された意志はただ一つ、自身が“人類進化の鍵”と信仰するファイア・スターターを守る事…。
2029年1月。ニューポートシティ郊外で航空機爆破テロが発生し、荒巻率いる公安9課は米軍情報部から共同捜査の要請を受ける。事件の容疑者として挙げられたのは疑似記憶を植え付ける電脳ウィルス「ファイア・スターター」のブローカーとされる、通称“パイロマニア(放火魔)”。ホヅミ大佐を殺害するためにカルテルから派遣され、自身を追跡していた米軍情報部員を航空機ごと爆破テロによって殺害したとされる。草薙はホヅミ大佐の身柄をえさに、パイロマニア捕獲の為、包囲網を敷くが…。
カルディス人テロリストを追う草薙は、水の価格協定の会議場爆破事件に続いて起きた水道管理局のサーバへの爆破事件を調査するも、爆発物を特定できずにいた。一方、ダム爆破事件を捜査する新浜県警の刑事トグサは、クザン共和国水企業の代表者サイードと義体技師ホセにたどりつく。ふたつの事件が交錯するとき、かつてクザン共和国で起きたカルディス人独立戦争の英雄スクラサスが蘇った理由、そしてその狙いが明らかになる…。
2028年10月。恋人の義体技師ホセと逢瀬を交わす草薙素子の元に仲間となったバトーから爆弾テロの急報が届く。その現場を制圧すると主犯のカルディス人の胸にはテロリスト「スクラサス」のシンボルが刻まれていた。それと同じころ、山の手のダムで発生した爆発でひとりの刑事が死亡した。その所持品には“人魚の脚(MERMAID’S LEGS)”の名刺と「エアリアル」とタグのある義体の脚部が遺されていた。それを手懸りに新浜県警のトグサが捜査を開始する。
元陸軍警察のパズと海兵隊のエース・スナイパーのサイトーをスカウトした草薙は、バトーたちのアジトに侵入する。そこで草薙は、バトーたちの目的が、かつての上官・ソガ大佐のカルディスタンでの難民虐殺の容疑を晴らすだけでなく、モジュールで車両用AIを並列化し軍事データベース「パンドラ」に侵入、その全てを公開することにあると見破る。一方、バトーたちはソガ大佐に反乱を促し利用しようとする存在に気づくのだった。
