名探偵コナン

徳川埋蔵金の発掘を手伝うため、コナンや平次らが宿里村を訪れると、歴史学者の康克が殺害される事件が発生。彼の背中には獣に襲われたような爪痕があり、ルポライターの肇は鵺に襲われたと騒ぐ。各自が部屋に閉じこもる中、コナンと平次、村長の殿輔は林から見張ることに。すると、再び不気味な鳴き声が響き渡る。

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コナンと蘭は、平次と和葉に誘われて静岡の宿里村にやって来る。平次は、村長の竹隈から徳川埋蔵金の発掘を依頼されていて、平次の他に考古学者の道貴、歴史学者の康克、小説家の史絵、ルポライターの肇も招かれていた。この村では、かつて埋蔵金発掘隊の一人が落盤で事故死しており、息絶える直前に、紙に“nue（鵺）”と書き残したという。この村は鵺伝説が残る村だった。

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コナンと少年探偵団らは、織田信長の岐阜入城450年記念イベントを見に行く。5人組ヒーロー、ノブナ・ガイザーのショーを見学した後、ご当地ヒーロー好きの光彦がノブナ・ガイザーにサインをもらいに行き、行方不明に。さらに、歴史博物館で強盗事件が発生し、防犯カメラにはノブナ・ガイザーの姿が写っていた。

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強盗犯の溝呂木から命を狙われるハッカーの伊勢原を助けたコナンは、溝呂木に追い詰められ、伊勢原と共に崖から落下する。小五郎らが心配する中、コナンは落下中にベルトからサッカーボールを出し、九死に一生を得ていた。その後、コナンは伊勢原に協力してもらい、溝呂木の次の犯行を阻止しようとする。

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コナンと少年探偵団は、阿笠博士の知人が所有する海辺の別荘に遊びに行く。すると、けがをしたハッカー・伊勢原と遭遇。伊勢原はゾロと呼ばれる強盗犯・溝呂木の仲間だったが、裏切り者として命を狙われていた。コナンは伊勢原を助け、追ってくる溝呂木と仲間から必死に逃げるが、断崖絶壁に追い詰められてしまう。

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コナンらは、顔なじみの古書店主・裕次郎が息子の一朗と言い争う現場に遭遇。一朗は、父に老朽化した店を早く畳んでほしいと思っていた。後日、コナンらは古書店の横にある公園へ展示中のSLを見に行く。通り掛かった一朗と写真を撮った後に、古書店に行くと、裕次郎が将棋倒しになった本棚の下敷きになっていた。裕次郎の命に別状はなかったが、コナンは本棚の倒れ方を不審に思う。

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警察は、ミュージシャンの波土を殺害した容疑者をマネジャー・佳苗、レコード会社社長・布施、雑誌記者・梶谷の3人に絞る。コナンは波土の免許証、証拠品のロープ、そして梶谷が撮影した会場に入る波土の写真を見て、ある事に気付く。その後コナンは、安室、沖矢と共にステージ上を調べて犯人のトリックを見破る。

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コナンらは、ミュージシャン・波土のライブのリハーサルを見学することに。波土が17年前に作った曲「ASACA」を新曲として披露すると聞いたコナンと沖矢は、タイトルから黒ずくめの組織のRUMを連想していた。コナンらは会場に入れず、マネジャーの佳苗、レコード会社の布施らと話していると、安室と梓がやって来る。その後、ステージ上で首をつった波土の遺体が発見される。

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コナンらが公園でサッカーをしていると、近くの小久保家から伯母・直子の遺体を発見した衛が悲鳴を上げて出てくる。この時、口が悪くて有名な直子の飼っていた九官鳥・ナインが逃げ出す。容疑者として、衛、メイドの恵美、直子に偽物を売っていた古書店主人・狭山が浮上する。だが、3人にはアリバイがあった。

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霊魂探偵の堀田が泊まるホテルの部屋を訪ねた小五郎とコナン、東都テレビの古栗は、ベランダから逃げる犯人と、刺殺された堀田を発見する。コナンは部屋のドアを開けた時の事を思い出しながら、気になる所を調べる。小五郎の行動をヒントにトリックを見破るコナンだが、ちょうネクタイ型変声機がない事に気付く。

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霊を呼び出して事件を解決する霊魂探偵の堀田と対談することになった小五郎は、コナンと共にホテルへ。テレビ局の古栗と合流し、堀田の部屋を訪ねるが応答がない。古栗は堀田から「殺される助けて」とのメールが届いたことに気付く。ホテルのボーイに鍵を開けてもらって部屋に入ると、ベッドで堀田が刺殺されていた。

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不動産会社社長の樋山がはさみを持ったまま殺害される。この事件は現場の状況が17年前の未解決事件に酷似していた。コナンと沖矢は第一発見者の仙波が犯人で間違いないと考えるものの、凶器とそれを現場の離れに持ち込んだ方法までは分からずにいた。そこでコナンらは、玄関のボディーガード二人から話を聞く。

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コナンと哀は、17年前に棋士の羽田浩司が殺された未解決事件の話をしていた。そんな時、不動産会社社長・樋山が阿笠が発明したはさみを持ったまま殺害された。コナンと偶然居合わせて興味を持った沖矢は、殺害状況が17年前の事件に似ていることから阿笠に同行して現場へ。第一発見者で樋山と不動産トラブルのあった仙波が疑われるが、彼が凶器を持って家に入ることは不可能だった。

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小五郎は、連続空き巣の犯人を捕まえてほしいと被害者の純子から依頼される。純子のマンション前で話をしていると、裏の駐車場で純子の隣人・北上が遺体で見つかる。小五郎は北上が泥酔して自室から転落死した事故と推理。警察と共に部屋を調べたコナンは、ダミーの防犯カメラを設置し、警備会社のシールまで貼って防犯対策をしている北上が、玄関の鍵を掛け忘れた事に疑問を持つ。

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熊倉山を登山するコナンらは、宿泊する山小屋で栄子、芦塚、林田、岳美と知り合う。4人は3年前に転落死した登山サークルの仲間、元木の命日で集まっていた。翌朝、仲間とけんかして一人だけ崖下のテントで寝ていた岳美が殺害される。栄子、芦塚にはアリバイがあり、気象観測の仕事で出掛けていた林田が疑われる。

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迷惑男・天城が刺殺され、容疑者の町内会長・番藤も遺体で発見された。すると、今度は番藤の自宅で発見された遺留品から、大学講師・千野が二人を殺害した容疑者として浮上する。だが、コナンは、ミステリー研究家の千野が現場で初歩的なミスをしていることを不審に思い、真犯人が千野を犯人に仕立てたとにらむ。

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高級住宅街の公園で、千枚通しのような物でめった刺しにされた天城の遺体が発見される。昼夜の区別なくバイクを乗り回す天城に、住民は迷惑していた。騒ぎを見掛けた小五郎とコナンが現れる中、目暮らは遺体の傍らに落ちていた診察カードから町内会長・番藤に話を聞きに行く。番藤は服毒死しており、家に血痕の付いた千枚通しが。警察は番藤が天城を刺殺後、自殺したと推理する。

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小五郎とコナンは、調査報告で訪れていたマンションで、4階の部屋の前にいた住人の友人・舞子、管理人・吉江、宅配業者・松田に頼まれ、室内に入る。すると、荒らされた室内から住人の前原と妻・早紀の遺体を発見。警察は強盗を装った早紀が前原を殺害後、被害者のふりをしようとして誤って窒息死したと見立てる。

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コナンと園子は、京極の恩人・高見が館長を務める大阪の空手道場を訪ねる。道場の経営難で借金のある高見は道場を売却しようと考えていた。その後、道場の展示コーナーに置かれた黒帯が盗まれ、京極が犯人と疑われる。無実の京極だが、高見に試合を申し込み、自分が勝ったら道場存続、負けたら黒帯を返すと告げる。

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