名探偵コナン

13年前、新一と蘭が保育園児だった頃、新一は蘭をひいきする保育士・江舟の不審な行動を優作と有希子に伝える。翌日、江舟は園児たちをいつもと違う遠い公園に連れていく。変装をして園児たちの様子を見に来ていた優作は、停車中のバンの中で運転手が園児の写真を撮り、怪しい笑みを浮かべている姿を目撃する。

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コナンや園子らときれいな桜並木を見に来た蘭は、新一と出会った時のことを思い出す。13年前、保育園で男子にいじめられていた蘭は、入園したばかりの新一に声を掛けられる。一方、保育士の江舟が蘭のことをずっと見ていることに気付いた新一は、事あるごとに蘭をひいきする江舟が、何か企てているのではと疑う。

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仲代電気の社長令嬢・麻奈美が誘拐され、身代金1億円の入ったバッグが、誘拐犯の荻久保によってドローンで持ち去られる。バッグに飛び付いたコナンは振り落とされるが、発信機を付けていた。一方、拳銃強盗犯として荻久保を追っていた佐藤刑事は逆に捕まり、共犯の裕之と落ち合う場所に向かう車を運転する羽目に。

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小五郎、コナン、蘭は、失踪した仲代電気の社長令嬢・麻奈美を捜しに、大分・別府温泉を訪れる。IT企業社長との婚約を発表した麻奈美の元に別府にいる元恋人・裕之から写真が届き、その後、麻奈美は旅に行くと家を出たきりだった。コナンの推理で旅館に泊まっていた麻奈美を見つけ、知らせを受けた父・仲代らも別府に到着。だが、麻奈美が誘拐され、仲代のスマホに身代金の要求が届く。

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羽田が由美に渡した封筒に入っていた婚姻届を、羽田のファンでマンションの管理人・八塚が隠してしまう。八塚のパソコンに8桁の数字の入力が必要だと気付いたコナンは、部屋の中で見つけた暗号を解こうとするが、コナンでも解けないほど難解だった。そこで、コナンは単独では成立しない暗号なのではと考える。

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警視庁交通部の由美は、将棋の王将戦のニュースを見て、元彼の羽田が将棋の七大タイトルを制覇した棋士だと初めて知る。一緒にいた佐藤刑事は数年前、由美が羽田から「七つそろうまで開けないでほしい」と渡された封筒は由美との婚姻届かもしれないと推測。封筒を挟んだ雑誌をごみに出してしまった由美は、通り掛かったコナンら少年探偵団にも協力してもらい、封筒を捜すことに。

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千葉刑事は、捜査中の事件の犯人が宇宙人だとネットで騒ぎになっている事を知る。UFOを目撃した陽奈の依頼で現場にいた小五郎が原因だと察して訪ねてきた千葉刑事から、コナンは事件の話を聞く。その後、千葉刑事らと共に容疑者である朽木を訪ねたコナンはある物を見つけ、朽木の不可解な行動の理由に気付く。

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千葉刑事は、3カ月前に杯戸高校の敷地内で窒息死した雑誌編集者・中津の事件を捜査していた。遺体と一緒に倒れていたUFOマニアの朽木に容疑が掛かるが、朽木は宇宙人が犯人だと証言。一方、小五郎が杯戸高校の2年生・和田陽奈から宇宙人の探索依頼を受け、コナンらは陽奈がUFOを目撃した現場を訪れる。

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金庫破りの犯人に棺おけに閉じ込められたと推理したコナンは、何とか猿ぐつわを外しDBバッジで歩美らに連絡。さらに、車のエンジン音とともに動きだしたことで、コナンは霊きゅう車に乗っていると気付く。一方、蘭から小五郎が依頼された事件の話を聞いた一同は、コナンの事件との関連性を考え火葬場へ向かう。

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暗闇の中、猿ぐつわにロープで縛られた状態で目覚めたコナンは、自分が置かれている状況を考える。そこで、買い物に行く途中にビルの一室で金庫をこじ開けようとする人影を目撃し、襲われたことを思い出す。その頃、小五郎は金庫から遺言状が盗まれたと言う唐橋グループ会長・唐橋剛太郎の顧問弁護士から依頼を受ける。動機から、小五郎は剛太郎の子供が遺言状を盗んだと推理する。

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デパートに出掛けたコナンら少年探偵団は、レストランの料理長・細越がクレーマーに刺される事件に遭遇。捜査の結果、3人の容疑者は細越とつながりがあると分かる。そんな中、コナンは犯人の目撃証言が食い違う元太、光彦、歩美に改めて詳しい状況を確認。すると、証言が食い違った理由や誰が犯人かに気付く。

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コナンら少年探偵団は、阿笠博士とデパート最上階のレストランへ。その後、レストランの料理長がクレーマーに刺される事件が発生する。犯人が階段で逃走したと知ったコナンは、別々の階にいる歩美らに連絡し、犯人を捜すよう指示。容疑者は3人に絞られるが、歩美らの証言は食い違い犯人を特定できない。

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小五郎はコナンを連れ、半年前に自宅アパートで自殺した女性・礼美の事件で知り合った恵を訪ねる。礼美の隣人だった恵は、叔父が経営する郷里のペンションで働く現在も自殺を阻止できなかったと悔やんでいた。恵や小五郎から事件の話を聞いたコナンは、借金取りから逃げ回っていたという礼美の死に疑問を抱く。

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雨の日、車がぶつかる音を聞いたコナンらは、運転席で気絶する菊池と路上で血を流した堤の遺体を発見。警察の捜査から、菊池と堤は会社の元同僚で、最近二人とも首になったと分かる。菊池は、傘を差した男が突然道路に飛び出してきたと証言し、堤の上着から遺書が見つかる。だが、コナンは自殺ではないと推理する。

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2日前に発生した殺人事件の容疑者として、被害者に金銭を要求されていた広瀬純子が逮捕される。そのニュースをコナンらとテレビで見ていた小五郎は、犯行時刻に現場から車で1時間かかる場所で純子を目撃したと目暮警部に証言。純子は釈放されるが、釈然としないコナンらは純子の同僚や元恋人らに話を聞く。

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ハイキング中にうなり声のような音を聞いたコナンらは、行き合った郷土史家の下村から天狗の声だとからかわれる。翌朝、コナンらは史跡「天狗の洞窟」を訪れると、首をつった真山町長の遺体を発見。小五郎は、現場の状況や真山が何者かにゆすられていた事から自殺と推理するが、コナンは遺体などの不可解な点に気付く。

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コナン、蘭、園子は、熱気球大会にやって来る。レースが始まると、チャンピオンの水口の気球に参加者の奥田の気球が衝突し、落下していく。その時、同乗していた水口の妻・有沙が気球から転落し死亡。水口と奥田がレース前にけんかしていたため、奥田が故意にぶつかったと疑う警察は、奥田の気球の状況から殺人事件だと断定する。そんな中、コナンは蘭の証言からある事に気付く。

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コナンらは、音楽スタジオでガールズバンドを組む萩江が絞殺される事件に遭遇。バンドメンバーの染花、唯子、留海が犯人として疑われる中、コナンらは3人から話を聞き、スタジオでの練習風景を撮った動画を確認する。この後コナンは、スタジオから凶器が見つからない理由に気付き、犯人のトリックを見破る。

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映画の影響で女子高校生バンドを結成しようと思い立った蘭、園子、世良に付き添い、コナンと安室は貸しスタジオを訪れる。すると、スタジオにいたガールズバンドのドラム担当が絞殺される事件に遭遇。バンドメンバー3人が容疑者として挙がるが、遺体から推測されるひも状の凶器が見つからず、捜査は難航する。

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コナンと小五郎が、金融業経営者の宝田が絞殺された事件の調査を進めると、妻の美香にアリバイがない事が判明。さらに物証が見つかり、目暮警部は美香を犯人と断定するが、コナンは弟の鮫二が宝田の遺産を相続することを不審に思う。そこで、鮫二が美香をだましたと推理したコナンは、鮫二に鎌をかける。

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