名探偵コナン

コナンらは真剣にアパートを眺める少年に声を掛ける。すると少年は、家主の女性から「男が３人訪ねて来た後、自分が部屋から出てこなければ殺されている」と聞かされたと言う。その後、部屋を訪ねたコナンらはシナリオライターの保江の死体を発見。さらに遺体の第一発見者が３人も現れ、コナンは違和感を抱く。

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コナンらはファミレスでウエーターの染谷が同僚の梨元を殴る事件を目撃する。後日、高木刑事は染谷をパトカーに乗せて山あいを走行中、逃走を図った染谷ともみ合ううち、手錠でつながれて谷川に転落。一方、二人のことをニュースで知ったコナンは梨元を訪ね、染谷がある女性のストーカーだったことを聞き出す。

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ある日、小五郎は殺害予告を受けたスーパーの店員・神崎から調査を依頼される。周囲への聞き込みの結果いたずらと判断するが、翌日スーパーで事件が発生する。「死ね、神崎」と言って男がマスコットの着ぐるみを着た店員・下村を刺して逃亡。この日は下村が代役を務めていたため、目暮警部は誤って下村を刺したと考える。だが、コナンは偶然別人が着ぐるみを着ていたことに不審を抱く。

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小五郎が気象予報士の康美と対談することになり、コナンと蘭はスタジオの見学に行く。対談後、別の仕事を控えていた康美が2階のステージから転落して絶命。小五郎は、老朽化した手すりにもたれて転落した事故によるものと推理する。だが、コナンは、現場の状況から何者かが康美にトラップを仕掛けていたことに気付く。

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コナンらは、ホテルのプールで社長令嬢の永美が溺死した事件の容疑者3人の行動を調べることに。永美を捜している時の状況を確認したコナンと世良は、ホテルのボーイの証言から遺体が消えるトリックに気付く。そして、実験すれば犯人が分かると断言し、高木刑事の協力を得て、遺体が消えるか実験を始める。

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コナンらが遊びに訪れたホテルのプールで、社長令嬢の永美が溺死する事件が発生。駆け付けた目暮警部は事故死を疑うが、現場に居合わせたボーイの「事件の10分前には遺体がなかった」という証言から、殺人の可能性もあると考えを改める。そして目暮は、永美の異母妹・浜香らを容疑者に絞り込み、話を聞くことに。

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羽田秀吉の恋人・由美が誘拐された。コナンは「首なし棋士」と名乗る犯人からの暗号を解読し、秀吉らと墓地にやって来る。コナンらはそこで第3の暗号を発見するが解読できず、タイムリミットが迫っていた。すると、コナンらは哀らの何げない会話から暗号を解読し、由美の監禁場所を特定する。

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ジョディとキャメルが公安に追われていたところを死んだはずの赤井が突然現れ、赤井の活躍で公安の車を振り切ることに成功。さらに赤井は電話をかけ、工藤邸で沖矢と会談中の安室に連絡する。沖矢が赤井の変装だと疑いを持っていた安室は驚き沖矢に謝罪。すると沖矢は、ある人物に会いに工藤邸の2階へと向かう。

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コナンがジョディの友人である夏子の事件を解決する一方、安室はFBI捜査員・キャメルとの接触を通じて赤井が生きていると確信。工藤家に住む沖矢の元を訪ね、赤井が自らの死を偽装するため楠田の遺体とすり替えに使ったと推理を展開する。推理の疑問点を突く沖矢の指摘に対しても自説で呼応する安室は、遺体すり替えにはコナンも関わっていると語り、沖矢にある要求をする。

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夏子が意識を取り戻したと連絡を受けたコナンらは、病院を訪れる。そんな中、安室はジョディに付いて来たキャメルに楠田のことを聞き出そうとする。そこへジョディが現れ、キャメルは楠田の話はしていないと報告。だが、そのジョディは変装したベルモットだったと発覚し、コナンは楠田の情報を知られたと悔しがる。

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何者かに襲われ意識不明の重体となっている小学校教師・夏子の事件を調べるコナンらは、容疑者の3人から話を聞くことに。さらに夏子からストーカー被害の依頼を受けていた安室は、その中の1人である同僚の菅本をマークしていたと明かす。そんな中、現場に残されたテストの答案用紙を見たコナンは犯人に気付く。

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コナンは黒の組織のことでジョディと会っていると警察から連絡が入る。ジョディの友人で小学校教師の夏子が襲われ、意識不明の重体だと知ったコナンらは現場へ向かう。現場の現状からコナンは別の場所で襲われたと推理。だが、夏子と連絡を取っていた安室が呼ばれ、何者かに突き落とされる現場を見たと証言する。

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小五郎は失踪した画家・青木悟を捜してほしいと妻の碧から依頼を受ける。コナンは、最後に青木から届いた絵の画像を見て、富山・魚津にいると推理。絵には富山湾で発生したホタルイカの身投げという自然現象が描かれていた。早速、魚津に訪れた小五郎たちだったが、波打ち際で青木の水死体を発見する。

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コナンら少年探偵団はある日、“シルバー探偵団”を名乗る４人の老人と出会う。その翌日、青年が殺される事件が発生。第一発見者はシルバー探偵団で、中心人物の徳永は他のメンバーとたばこのポイ捨てを注意しようと不良少年を追跡するうちに遺体を発見したと主張する。しかしその後、徳永らが殺害現場を荒らしていたことが判明。徳永らは名誉挽回するため、独自捜査を始める。

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コナンは、強盗団の潜入捜査に向かった小五郎の危機を察して助けに向かうが、強盗団に見つかってしまう。そのまま強盗団のリーダーの息子を殺害した犯人探しに加わることになったコナンは、事件発生時の防犯カメラの映像を見て、不可解な点に気付く。そして何気ない会話から、小五郎に事件解決のヒントを与える。

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小五郎は、目暮警部の依頼で強盗団の潜入捜査を行う。しかし強盗団のリーダーは、小五郎の身元を知りながら招き入れたことが判明。部下の中にいるという、リーダーの息子を殺した犯人を捜し当てるよう命令し、できない場合は蘭を殺害すると脅迫してくる。一方、コナンは小五郎が何らかの事件に巻き込まれたことを察し、小五郎が残したメモをヒントにホテルのカフェテラスに向かう。

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鈴木次郎吉が美術館でムンクの名画を集めた企画展を決める。だが、展示予定の名画の１つ「叫び」が輸送中に運送ルートから外れて消えるトラブルが発生。次郎吉と共に名画の運搬の見学をしていたコナンらは、「叫び」の捜索に乗り出す。その後、「叫び」は無事見つかるが、コナンは絵が運送中に消えた謎を解明する。

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水族館で殺人事件に遭遇した新一は、被害者の知り合い3人が怪しいとにらむが、目暮警部は全員にアリバイがあると判断する。しかし新一は蘭の言葉をきっかけに、犯人が明るい場所で犯行に及んだ理由に気付き犯人を推定。その後、新一は3人を集め、犯行時その人物が奇妙な動画を撮っていたことを指摘する。

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