銀魂．

かぶき町に突如現れた巨大な大砲は、源外の作ったカラクリ「ネオアームストロングサイクロンジェットアームストロング源外砲」だった。ウイルスを搭載したナノマシンを放出し、敵味方問わずあらゆる機械を停止させてしまう切り札だ。金時とたまは、機械である自らも破壊される覚悟で、起動のために砲に入った。源外砲の威力で、空を覆っていたアルタナ解放軍の艦隊はすべて墜落。地上での白兵戦が始まった。お登勢の号令で門をかたく閉じたかぶき町、そこを進軍目標として荼吉尼・辰羅・夜兎の軍勢が迫り…！

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万事屋の危機を救ったのは、江戸に戻ってきた真選組だった。今度こそ江戸を守り抜いてみせると、新・真選組の力を見せつける。戻ってきた旧幕府軍は勢力を増し、空では松平率いる艦隊がアルタナ解放軍に対峙（たいじ）していた。地上では市民を避難させた御庭番衆が全蔵のもとに集結し、全てを守る戦いのため戦場に踊り出る。そんな中、解放軍を率いる圓翔は上空から無情に江戸を狙い、地上でも荼吉尼・辰羅・夜兎の三大傭兵部族が加勢する。ついに地球人と解放軍の総力戦が始まった…。

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姿を現した虚に、剣を向ける銀時。しかしその前に、奈落三羽の一人、柩が立ちはだかる。柩と戦う銀時たちの上空に現れたアルタナ解放軍の艦隊は、一斉掃射をしかけ周囲は火の海と化した。江戸城では、亡き徳川茂茂の妹・そよ姫が、逃げろという服部全蔵の忠告を聞かず、一人で城を預かる覚悟を決める。すべてを焼き払えとの圓翔の命令で、おびただしい数の戦艦が江戸の上空を埋め尽くす。艦隊が江戸城に迫り、逃げる万事屋も四方を囲まれる。その絶体絶命のピンチに…！

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喜々と紫雀の交渉により、アルタナ解放軍は一時的に態度を軟化させたが、それは地球に駐屯する軍を引かせるまでには至らなかった。迫る決戦の時。天導衆の行方を探っていた銀時たちを、突如町民の集団が襲う。彼らを町民ではない別物だと見抜き、窮地を救ったのは今井信女だった。集団は解放軍も急襲する。戦いを一時停戦した責を問われる紫雀の前に現れたのは、自国を天導衆に滅ぼされた、硝煙の皇子と呼ばれる男だった。

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虚の引き起こした戦争を止めるため、アルタナ解放軍との交渉に自分の名前を利用せよという将軍・徳川喜々。桂と坂本はその提案に乗り、喜々を連れて解放軍の戦艦に行く。一方、地球では江戸の人々が蜂起。かぶき町四天王を中心とした民衆、柳生一門、御庭番衆や吉原の百華たちが解放軍に対抗していた。そんな地球の様子を伝え、地球から手を引くよう伝える喜々たちの前に、解放軍中心人物の一人、艦隊提督の紫雀が現れる。強気の姿勢を崩さない喜々と紫雀、一対一の緊迫した交渉は…。

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アルタナを奪還するため宇宙の星々で活動してきたアルタナ解放軍が、ついに地球へ侵攻。ターミナルが破壊され、解放軍が暴虐の限りを尽くし、江戸は混乱を極めていた。しかしそこでも諦めずに戦い、希望をつなぎ続ける人たちがいる。自動販売機の下をあさって依頼料の小銭を貯める長谷川泰三、侍の国を取り戻すためみんなから依頼書を集めるお妙、銀時たち万事屋の帰りを待ち望むたくさんの人たち。そしてついに解放軍の蛮行は「万事屋銀ちゃん」の建物にも向けられて…。

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呪われたメガネのせいで見えちゃいけなさまざまななものが見えるようになってしまった新八。そんな中、町内親睦のために企画された「かぶき町大運動会」に強制参加することとなった。紅白に分かれ、優勝賞金50万円をめぐって競争するかぶき町の面々。その背後では、見えない守護霊たちも宿主を勝たせるために死闘を繰り広げる！　血で血を洗う「魔界大戦争」の開幕だ…！

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発売目前の銀魂ゲームを、自分たちの力でもっと売れる商品にしよう！と決意した万事屋3人。たまを連れてゲーム制作会社に潜入し、開発室でハッキングを試みる。大ヒットを狙うためにと、ゲームのタイトルを勝手に改名してファンタジーRPGへ路線変更。余計なことはしゃべらない主人公を出してみたり、ゾンビと戦うゲームにしてみたり、好き勝手にされた銀魂ゲームの末路は!?

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お通不在の中、トップアイドルの座をかけた握手会「天下一アイドル決定戦」が始まった！「GKB（ギャラクシーキングダムビッチ）48」に対抗すべく、「HDZ（ハナクソダイヤモンズ）48」の隠し玉、お妙率いる銀河系最強武闘派バックバンド「ダイヤモンドバキューム」が参戦！　汚い手を使いGKB48からファンを奪っていくが、メンバー同士のファンの取り合いで逆に大ピンチに。ついに寺門通親衛隊隊長、志村新八自らがGKB48センターのビチエに挑む！　そんな新八をテレビで見るお通は…。

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お通と神楽が組んだ新ユニット、「HDZ（ハナクソダイヤモンズ）48」の前に現れたのは、宇宙一のアイドル、ビチエがセンターを務める銀河系アイドル特殊部隊「GKB（ギャラクシーキングダムビッチ）48」だった。銀河中のトップアイドルが集まったGKB48の、手段を選ばない「本物の握手会」で、男たちは骨抜きにされていく。ファンを奪われ、愕然と立ち尽くすお通。さらにビチエはお通と江戸のトップアイドルの座をかけた勝負をしかけてきて!?

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グループ売りアイドル全盛期到来！　時の流れに乗り遅れないため、寺門通の期間限定アイドルユニット『お前の相棒〇人？プロジェクト』が始動した！　お通ちゃんの相棒を探していたエージェントがスカウトしてきたのは、なんと神楽だった!!　金（カネ）の匂いを嗅ぎつけた銀時プロデュースの元、お通と神楽はデビューを目指しレッスンに励む。果たして2人は、ユニットアイドルとして成功できるのか!?

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「マガナギ」によって体を乗っ取られてしまう！　鉄子の打ち直した「クサナギ」とともに戦う銀時だが、今までの戦闘の経験値だけでなく、沖田の身体能力も手に入れたマガナギに苦戦を強いられる。そして、マガナギの口から残酷な真実が語られる。実は、サーヤはクサナギと鞘子の元に生まれた娘であり、鞘子はすでにマガナギによって壊されていた…。鞘子だけでなくサーヤをも己の鞘にしようと迫るマガナギ。銀時とクサナギは、マガナギを止めることが出来るのか!?

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万事屋がクサナギとともに探していた鞘子は、真選組・沖田の刀の鞘になっている事が判明！　だが沖田の鞘は、自分は「鞘子」ではなく「サーヤ」で、クサナギのことなど知らないと言う…。尻に刺さったクサナギを早く抜きたい銀時は、その鞘にふさわしい刀はどちらか、真剣勝負の決闘で決めることを沖田に持ち掛ける。そんな決闘前夜、沖田の前に現れたのは、市中で頻繁に発生している辻斬りの犯人、人斬り千兵衛。彼が手にしていたのは、人の体を乗っ取り刀を共食いする妖刀「マガナギ」だった!!

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銀時、新八、神楽は、お登勢の旦那の形見刀を研ぎ直すため、鍛冶屋・鉄子の元を訪れていた。そこで、抜き身のまま床に落ちている刀を見つけた銀時。「鍛冶屋が商売道具をぞんざいに扱っていいのか」と文句を言うが、鉄子は預かった記憶はない刀だと言う。実はこの刀、妻である鞘―「鞘子」を探し出す為、鉄子の鍛冶屋へ現れた吸血妖刀エクスカリバー星人、「クサナギ」であった。居合わせた銀時の尻を一時の鞘にしたクサナギとともに、町で鞘子を探す鉄子と万事屋の前に現れたのは…。

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自殺をするためビルの屋上で佇む長谷川の前に、グラサンの殺し屋・一星（イーシン）が現れる。一星は、標的である宇宙商・猪九戒がパーティを開いている高層タワーから飛び降りれば、自分が標的と一緒に長谷川もあの世に送ってやると提案する。一星の指示通り、高層タワーの屋上に向かった長谷川だが、そこにはもう一人の殺し屋・一龍（イーロン）がいた！実はこの2人にはある因縁があって…。巻き込まれた長谷川は無事死ぬことができるのか!?

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男の情報を得るため、公園でホームレスたちの仲間になる桂と銀時。そこで出会ったのはなんと、桂と幾松に復讐（ふくしゅう）の機会を狙っていた幾松の義弟だった！　義弟から、死んだと思われていた幾松の父親を連れてこいと脅される一同。一方、新八と神楽の捜索で、かつて男が北斗心軒に忘れていった頭巾が幾松の父・松五郎のものだったと判明する。松五郎は一体誰なのか!?　幾松と松五郎を守るため、万事屋と桂が立ち上がる！

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幾松の夫がまだ存命だった頃、大みそかが来るたび店にやって来るみすぼらしい男がいた。なけなしの金をはたき一杯のラーメンを頼むが、「こんなにたくさん食えねーな」と言うと、おわんにラーメンをとりわけ、幾松と夫にふるまう。毎年の恒例行事だったが、夫が亡くなるとその男もぱったり姿を見せなくなり、店を継いでもその仕事を引き継げなかったことが心残りだとこぼす幾松。その話を聞いた桂は「幾松が夫と約束した一杯のラーメンを、もう一度その男に食わせてやりたい」と銀時に持ち掛け、その男を探すことにする。

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神楽の彼氏・ダイちゃんは、なんと巨人族の皇子だった！　普段はヒップホップを聞かせておけばおとなしい巨人族だが、彼らには恐ろしい伝統があった…それは、皇族の花嫁に迎えられた種がいる星の遺伝子を根絶やしにし、遺伝子情報の独占を図るというもの。花嫁・神楽がいる地球を滅ぼそうとするダイちゃんと巨人族の前に、「誰にも娘を渡したくない！」という気色の悪いお父さんたちが立ちはだかる!!

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神楽にカレシができた！　その知らせを聞いた父親の星海坊主と銀時は大慌て。神楽が大人になっていくことを中々受け入れられずにいた2人。だが、神楽がカレシを家に連れてくることになり、「大人」として対応することを誓う。だけど、カレシのダイちゃんには秘密があって…。

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銀時たちと松陽が出会う少し前のこと。朧は松陽によってその命を救われ、「松下村塾」創設をともにした一番弟子だった。銀時たちと同じ道を歩むことのできなかった朧の悲しみや憎悪もまた、松陽の死につながっていた。高杉との死闘で散った朧は、吉田松陽の過去、そして虚の恐るべき計画が進んでいることを明かす。その事実を知った銀時、桂、坂本、そして高杉は、それぞれが新たな決意をするのであった。「虚」の目的とは何なのか。「吉田松陽」は銀時に何を託したのか。舞台は全ての始まり「侍の国」へ…。

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