BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONSのあらすじ一覧
サラダやミツキとともに水影・長十郎に会いに行くボルト。ボルトたちは海賊たちとの戦いの場に向かった長十郎を追いかけるため、イカダの師匠である船大工のカジキに力を貸してもらうことにする。カジキの助けで何とか長十郎のもとに辿り着いたボルトたちは戦いを止めようと説得を試みる。一方、水の国が開発した新たな発電施設“東雲（しののめ）”の一号基を破壊しようとするイカダは、仲間とともに荒れた海を突き進む。
これまでの戦いで家族や多くの部下を失い怒るアラウミが、水の国に対し本格的に宣戦布告した。これを受けた水影・長十郎も徹底抗戦で、水の国付近の海の緊張感は高まる。水の国と海賊たちの戦争が避けられない状況になりつつある中、ボルトは、水の国と対立し戦うことを決めたイカダに戸惑いながらも、これ以上の犠牲を出さないためにできることをしようと行動を開始。サラダ、ミツキと一緒に奔走する。
フナムシに勝利することができたボルトたちだが、勝利を喜ぶどころか、デンキとイワベエが捕らえられてから数日がたち、ボルトたちは皆、ふたりの無事を信じることができない。そんな中ボルトは、復讐に燃え、残虐な戦いをし、冷酷だと思っていたフナムシの意外な一面を知る。そしてフナムシを慕う者から再び復讐の目を向けられてしまうボルト。復讐がさらに復讐を呼ぶことで、どんな時も前に突き進んでいたボルトは戦う意味を見出せない。
フナムシの部隊との戦いで、損害を被ったボルトたち。村には子供たちもいる中、被害を顧みないフナムシの戦い方に今度こそケリをつけるとボルトたちは決意する。フナムシもまた、青煉を負傷させたボルトたちに復讐の念を煮えたぎらせる。一方、長男・イサリから養子のテンマが戦死したと告げられたアラウミは、戦いで重傷を負い生死の境をさまよっている長女・青煉に次ぐ悲劇に怒りを爆発させ、この先の戦いは自らが指揮をとると言い放つ。
苦しい戦いを強いられながらも、フナムシの部隊を撤退させることに成功したボルトたちだが、代償はあまりにも大きかった。一方、水の国付近の海では、水影・長十郎率いる霧隠れの里の忍者と、集結した海賊たちのにらみ合いが続く。これが作戦の一部であり、義兄のイサリに辛抱強く機会を待つように言われても遅々として進まない戦いに苛立つテンマは、恩義のある義父のアラウミの期待に答えるためにも一気に戦いを進めようとある行動に出る。
船体のトラブルで、ボルトたちやドトウ島の人々を乗せた船が海上で動かなくなってしまった。そこに船大工のカジキと弟子のイカダが通りかかり、ふたりが暮らす造船の島で修理をしてもらえることになった。島に着いたボルトたちは、修理の手伝いや里への状況報告など、できることをしながら船の修理が終わるのを待つ。水の国付近の海では、舟戸一族に従い続々と集結した海賊たちと水の国との衝突が避けられない状況となりつつあった。
救出したドトウ島の人々を安全な場所に送り届けるため調達した船の中で、殺人事件が発生。遺体の状態から巨峰が犯人として疑われるが、本人はまったく心当たりがないと言う。しかし犯人ではないという確証もない。それでも巨峰を信じたいかぐらは、巨峰の監視役にボルトとイワベエを残し、ほかのメンバーたちといくつかのチームに分かれ、別に犯人がいる可能性がないか手掛かりを探すことに。
水の国付近の海が海賊たちに占拠され、デンキたち第五班が任務中の“ドトウ島（じま）”とも連絡が取れなくなってしまう。島の人々の救出と第五班の援護のため、新生第七班はかぐら率いる隊とともにドトウ島へ向かうのだが、その隊のメンバーは、修学旅行中のボルトたちと戦いを繰り広げた3人だった。罪人である彼らと協力することになったボルトたちは、偵察隊としてサラダとミツキを島に上陸させ、残りで島付近の様子を探ることに。
水の国で行われている式典のさなか、飛行船が爆破される事件が発生した。事件のことを知り急ぎ現場へ向かおうとするボルトだが、そのとき突然、訪問中の刑務所を何者かが襲撃。ボルトは所長のかぐらとともに敵を迎え撃つことにる。修学旅行以来の再会で共闘することになったボルトとかぐら。二人は収監中の海賊集団の長・舟戸(ふなと)アラウミの脱獄という敵のもくろみを阻止しようとする。
