BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONSのあらすじ一覧
カワキを加えた“新生第七班”が、“水の国”で行われる式典に招待されたカタスケの護衛任務につくことになった。アカデミーの修学旅行の時に友だちになった“霧隠れ（きりがくれ）の里”の忍者・枸橘（からたち）かぐらと会うことが楽しみなボルト。かぐらは現在、刑務所で所長をしており、ボルトは任務の合間にかぐらに会いに行くことにする。 だが、華やかな式典の影で、水の国に恨みを持つとある一族が密かに動き始めていた。
デンキを隊長に第五班が、鉱山用の“自律型傀儡(くぐつ)”を水の国にある鉱山の島まで搬送し、試運転や動作データの解析をする任務を行うことになった。緊張しながらもチームメイトのイワベエやメタルと協力して任務に取りかかる隊長・デンキ。ところが体力のないデンキは力のいる作業などではあまり役に立たず、鉱山の関係者からは本当に忍者なのかと呆れられる始末。
旅の商人が強盗に襲われる事件が起き、調査のため事件現場へとやってきたワサビ、なみだ、ツバキの第十五班。ツバキはそこで、故郷“鉄の国(てつのくに)”の侍が関わっていると思われる痕跡を見つけ、痕跡からひとりの人物に思い当たったツバキは動揺を隠せない。なぜならその人物こそ、かつて尊敬し、ともに刀の腕を磨き合い、競い合った兄弟子であり、ツバキとの間にある因縁を持つ相手だった。
謎の忍者に襲われチョウチョウが負傷。モズクが大切に持ち歩いていた荷物が奪われてしまった。忍者に狙われる危険な任務だと悟った隊長のシカダイは一旦里に引き返すことを決断。しかし、荷物を何としても取り戻したいモズクのことを思うカワキは、シカダイの命令を無視してモズクとともにあとを追う。奇妙な術を使う強敵にたったひとりで立ち向かうカワキはモズクを護り抜き、故郷・凪の国に無事送り届けることができるのか。
下忍の資格を得るための試験がうまくいかなかったカワキは、“忍”としてのルールや仲間との関係になじめない自分は忍者に向いていないのではないかと思い始める。そんなカワキに七代目火影から、最後のチャンスとしてシカダイ、チョウチョウとともに“凪の国”から来たモズクを護衛し、故郷に送り届ける任務が言い渡される。一方その頃、別の任務についていたボルトたち第七班は、そのさなか、変装した忍者と思われる人物たちとすれ違ったことで嫌な予感を覚える。
カワキが“下忍”になるため、通常行われている“忍者学校（アカデミー）”の卒業試験とは異なる特別な試験を受けることに。それは最低難易度である“Dランク任務”が遂行可能であれば同等の資格が与えられるというもの。追加メンバーとして各班の任務に加わることになったカワキだが、性格に難があり、チームワークを無視して勝手に行動するカワキはチームメイトを困らせ、任務を混乱させるハメとなる。
実戦形式で行われる最終試験は、お互いに全力を出し合って戦う好勝負が続いていた。そしてサラダVSチョウチョウの試合が始まる。今回、中忍試験に挑んだ下忍たちはもちろん、ナルトに誘われて会場を訪れたカワキや、“砂隠れ(すながくれ)の里”から見学に来たシンキたちも注目する中、“本気の勝負”を約束した二人。その戦いはほぼ互角で、誰もが息をのんで試合を見つめる。
最終試験、今度の試合はイワベエVSワサビ。互いに負けん気が強く普段はぶつかり合うことが多い二人だが、どういうわけか珍しく元気のないワサビに困惑するイワベエ。実はワサビは、これまで実績のとぼしかった“伊豆野（いずの）一族”の代表としてその期待を一身に背負い、プレッシャーに押しつぶされそうになっていたのだ。自らの実力の限界を勝手に決めて諦めているワサビに腹を立てたイワベエは…。この試合、勝利の女神はどちらに微笑むのか？
中忍試験の最終試験が実戦形式の個人戦だと発表された。前回は最終試験まで残れなかったボルトの同期も残っており、それぞれ強い決意のもと最後の準備に取り掛かる。実績上位の第七班、第十班（だいじっぱん）のメンバーはもちろん、スミレが抜けたことにもめげず任務に励んでいた第十五班のワサビ、さらに、試験のルールが変わったことで“自作”の”科学忍具（かがくにんぐ）”の使用も許可され、開発と調整に余念のないデンキや“鉄の国（てつのくに）”から留学中の“侍（さむらい）”、ツバキなど、新たな強敵もそろう最終試験。 白熱の戦いがまもなく幕を開ける。
七代目火影（ほかげ）・ナルトの提案で、木ノ葉隠れ（このはがくれ）の里の“下忍（げにん）”を対象とした“中忍試験”が行われることになった。この試験には、イッシキの襲撃で不安になっている里の人々を元気づける目的もあり、ボルトや同期の下忍たち、ほかにも、それぞれ次の目標に向かって“中忍（ちゅうにん）”昇格を目指す下忍たちが大勢集結する。これまでチームメイトとともに数々の任務をこなしてきた経験と、積み重ねてきた修業の成果を見せようと誰もが気合十分で試験に挑む。
大筒木一族に楔（カーマ）を刻まれた者が、徐々に心とからだを乗っ取られてゆく“大筒木化”。深刻な状況にあるボルトの大筒木化と、「殻」の幹部・コードの動向について話し合うため、七代目火影・ナルトの呼び掛けで五影会談が開かれる。その中で、ボルトの大筒木化がさらに進み、いずれイッシキ並みの脅威となった場合には打つ手がなくなるのではないかとのことが問題になり、我愛羅からは「お前に我が子を討つ覚悟があるのか？」と問われるナルト。これに対しナルトが、火影として、ボルトの父として、下す決断とは…？
イッシキとの戦いを終え、ボルトたちが里へと帰還した。ボルトたちの活躍で里の安全は守られたものの、ボルトは戦いのさなか、再びモモシキに意識を乗っ取られてしまったことに強い恐怖を感じていた。そんな中アマドから新たな情報として、「殻」のリーダーだったジゲンの忠実な僕（しもべ）であり、ジゲンを超える力を持つ幹部・コードのことが語られる。そしてその頃、「殻」が所有する“十尾（じゅうび）”の尾獣の幼体を監視していたコードの前には？
イッシキとの戦いで疲弊したナルトたちの前で、突然ボルトがサスケを攻撃。モモシキに意識を乗っ取られたボルトが敵として立ちはだかった。ボルトの意識を取り戻そうと必死で呼び掛けるカワキ。しかしその声は届かない。そんな中サスケから、ボルトの意識を取り戻すための方法を告げられたカワキは、ボルトを救うべく、覚えたての忍術を使った一か八かの策に出る。そんなカワキたちの死闘を横目に、ついに力尽きたナルトは、朦朧とする意識の中、九喇嘛と共に静かに昔の思い出について語り合う。
激闘も空しくイッシキに追い詰められるナルトとサスケ。状況を打開するため、ボルトも決死の駆け引きを試みるも失敗に終わり、もはや打つ手はないと思われた。その時、ナルトがすさまじいチャクラを発しながら立ち上がった。九尾の尾獣・九喇嘛曰く「究極の奥の手」であり、大きな代償と引き換えに強大な力を得たナルトが、イッシキへの反撃を開始。イッシキを圧倒し、形勢は大きく逆転する。ところが土壇場で何かに気付いたイッシキの策略より、その場に木ノ葉隠れの里にいたはずのカワキが…？
ついに正体を現したイッシキが、自身の新たな“器”となるカワキを手に入れるため木ノ葉隠れの里を襲撃。人知を超えた存在である大筒木一族に唯一対抗できる者として、ナルトとサスケが迎え撃つ準備を進める。そんな中、いてもたってもいられないボルトは、父のナルトや師のサスケと共に戦いたいと考えるが、一方で、楔（カーマ）を刻まれた自分が、「再びモモシキに意識を乗っ取られることになったら…」という不安にも駆られていた。そして決戦の火ぶたは、一足先にイッシキと接触したナルトによって切られることに。
「殻」のアジトにて果心居士とジゲンの戦いが始まった。ジゲンが大筒木一族としての力を取り戻せば、その絶大なる力に対しなすすべがなくなってしまう。そうなる前にジゲンの体を乗っ取ったイッシキの本体を引きずり出し倒すため、綿密に策を練り、次々と術を仕掛ける居士。アマドが使う道具を通し、木ノ葉隠れの里でナルトたちがこの戦いを見守る中、居士の策が功を奏し、ついに最強最悪の敵・大筒木イッシキが姿を現せる。同時にナルトたちは、カワキの楔（カーマ）に起きた衝撃の現象を目にすることになる。
