BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONSのあらすじ一覧
手のひらに「楔（カーマ）」と呼ばれる奇妙な印を持ち、「殻」から「器」と呼ばれる謎の少年・カワキ。その処遇について“五影”が話し合い、カワキの身柄は正式に、七代目火影・ナルト監視の下、木ノ葉隠れの里が預かることになった。 早速カワキを家に連れて帰るナルトだが、心を開かず、自分の名前も言わないカワキに困り顔。さらに、ひと悶着あったボルトとカワキが顔を合わせることになり、二人の間には険悪なムードが流れ…。
大ケガを負ったまま先端技術研究所から逃げ出したカワキ。“竜胆”の研究所を出て繁華街へとたどり着いたカワキは、消耗した体力と空腹を補うため、なんとかして食べ物を手に入れようとしていた。そこに、カワキの行方を探していたスミレが”鵺”と共に現れる。スミレは傷付いたカワキの体を心配するが、カワキは相変わらず敵意を剥き出しにしたまま。そんなカワキにスミレは、自身の身の上について話し始める。
ボルトたちが、再び気を失ったカワキを連れ先端技術研究所へと戻って来た。手当てを受けることになったカワキを、研究所で働くスミレが親切に世話するが、カワキはそんなスミレにも敵意を見せ、ついには研究所からの脱走を企てる。一方、一足先に里に帰った木ノ葉丸から今回の任務の報告を受けた七代目火影・ナルトは、カワキと「殻」の関係が気になり、直接カワキから話を聞くため自ら先端技術研究所に赴くことを決める。
「器」と呼ばれる少年・カワキを連れ帰ろうとする「殻」のアウター・我婁とカワキの戦いが始まった。全身に科学忍具を装着した我婁と、さまざまな形状に変化する自らの腕を使いこなすカワキの戦いをぼうぜんと見つめるボルトたち。激しい戦いが続く中、すでに消耗していたカワキは徐々に押されてゆき、ついには捕らえられしまう。だがその時、カワキのからだに異変が!? そして、これに“共鳴”するかのようにボルトの身にも再び異変が起き…!?
ボルトの身に起きた異変に興味を持った居士が一旦撤退。なんとかその場をしのぎ切ったボルトたちが里に帰る途中、気を失って倒れている謎の少年・カワキを見つけた。その手のひらにボルトと同じような奇妙な“印”があるカワキの素性が気になるボルトたち。だが目覚めたカワキは敵意をむき出しにし、一触即発の状態に。慌てたボルトがとっさに自身の手のひらの“印”を見せ、これを見たカワキの言葉から、それが「楔（カーマ）」と呼ばれるものだと知ることになる。
青との戦いを終えたボルトたちの前に、「殻」のメンバー果心居士が現れた。“封印術”でボルトたちを拘束した居士は、任務遂行のために全員を葬り去ろうとするが、木ノ葉丸が術を解き1対1の戦いに突入。激闘の末、切り札の螺旋丸を繰り出す木ノ葉丸に対し、なぜか居士も螺旋丸を使って術を相殺。限られた者しか使えないはずの螺旋丸を使う相手に驚く中、居士の次の攻撃によって木ノ葉丸は絶体絶命の状況に追い込まれてしまう。この危機を目にし、ボルトの掌の“印”に、突然異変が起きる。
互いに決着を付けようとする第七班と青の戦いが始まった。第七班は連携し、よどみない攻撃を仕掛けるものの、もともとが手だれな上に科学忍具を巧みに使う青を倒すのは簡単なことではない。これに対抗するためボルトも科学忍具を利用。やっとのことで追い詰めたかに見えたが、青にはさらなる奥の手があった。“忍”であった己を捨て、“科学忍具”という新たな力に溺れる青に対し、あくまでも“忍者”として“己の力”で戦うことを選ぶボルトたち。果たして戦いの行方は!?
任務中に消息を絶った木ノ葉丸とムギノの捜索のため、第七班が、カタスケや”忍犬”の茶丸と共に通信が途絶えた場所へとやって来た。ボルトたちはそこで謎の傀儡たちに襲われることなる。高度な科学忍具と思われる傀儡を相手にカタスケも科学忍具で対抗。傀儡が再び動き出さないようにしたボルトたちは、茶丸の案内で木ノ葉丸とムギノの居場所を突き止めることができた。そんな一同の前に、かつて霧隠れの里の忍者であった青が現れる。
ボルトたち第七班が、護衛任務の対象者であるカタスケと共に、“先端技術研究所”にやって来た。ボルトたちはそこで懐かしい人物と出会うことになる。無事に任務を終え帰ろうとするボルト。ところが任務には続きがあり、ボルトたちは開発中の科学忍具のテストに協力することになる。はじめは不満顔だったボルトだがテストに協力するうちにその気持ちに変化が起き…？ そんな中、火影から、新たに緊急の任務が第七班に言い渡される。
中忍試験の後、現場復帰したカタスケが、火影に呼ばれてやって来る。その姿を見たボルトは、試験の時のことを思い出し、腹立たしい気持ちになるが、そんなボルトに第七班としてサラダやミツキと共に「カタスケの護衛と科学忍具の輸送をする」という任務が言い渡される。気に入らないながらも任務に就いたボルトは、目的地に向かう雷車の中で、カタスケの知り合いだという元忍者・青と出会う。一方その頃、謎の墜落事故現場を調査中の木ノ葉丸とムギノには危険が迫っていた。
「殻」の悲願達成に必要な “器”を移送中の飛行船が消息を絶ち、急きょ、「内陣（インナー）」と呼ばれる「殻」の中枢メンバーによる会合が開かれた。もくろみは外れさらに、移送責任者として追及されたヴィクタは弁明するも、リーダーのジゲンは一蹴。計画は変更となり、ついに「殻」が本格的に動き出す！ 一方その頃、木ノ葉隠れの里では、謎の墜落事故の調査を進める傍ら、“あるもの”を使った試験のため、観客の前で、七代目火影・ナルトとボルト父子による“忍組手”の対戦が始まろうとしていた。自らの成長を見てもらおうと本気で勝つつもりで父に挑むボルトだが…!?
木ノ葉丸が急な任務で里を離れることになり、それが終わるまでの間、第七班の任務は、ボルト、サラダ、ミツキの3人だけで行うことになった。そんな中、ひょんなことから街で偶然ムギノと出会ったボルトは、ムギノに誘われ、彼の自宅に行くことになる。あまりにもオンボロな上に、殺風景な部屋の様子にあきれるボルト。だがそんなボルトにムギノは、なぜ自分がこの部屋に住んでいるのかを話し始める。
父のナルトから、谷の国での任務の功績を褒められただけでなく、褒美として、直接手合わせすることを約束してもらったボルトはうれしくて仕方がない。一方、謎の組織「殻」の内部で、彼らにとって重要な「器」と呼ばれる者に関する計画が次の段階へと進みつつあった。しかし、自らの野望を持つヴィクタは、「殻」のリーダーであるジゲンやほかの中枢メンバーに本性がバレないように気を配りながらも内心焦っていた。そして、自身の体の限界が近いことを痛感し、なんとしても野望を達成しようと新たな策を講じることにする。
多大な犠牲が出た“第四次忍界大戦”の殉職者たちをしのぶ慰霊祭が行われることになり、多くの関係者が集まった。そこには、最後まで任務を全うし、残った者に未来を託して散った父たち、奈良シカクと山中いのいちを思うシカマルといのもいた。果たして父は、本当に自分を信じてくれていたのか…？ そんな中、かつて、五代目水影・メイの側近をしていた青が木ノ葉隠れの里を訪れる。青は前の大戦の折、シカクたちと共に、破壊された“忍連合軍”の本部にいた者のうちで、ただ一人の生き残りだった。
優れた感知能力を使い、これまで里への出入りを管理してきた“山中一族”を中心に新たな感知システムが作られることになり、新システム導入のための試験が行われることになった。感知能力の高さを評価されたいのじんは“探索班”として、ボルトとシカダイは“侵入者役”として、それぞれ試験に参加する。最初は簡単に考えていたいのじんだったが、侵入者役のチャクラをうまく追跡できず、山中一族でありながら期待に応えられないことに落ち込むが…？
木ノ葉丸たちの報告から、「殻」には「外陣（アウター）」と呼ばれる外部協力者がおり、密かに“忍び五大国”の中にまで入り込んでいる可能性があることが分かった。報告を聞いたナルトは、里の安全のためにも人々の出入りを厳しく規制するべきだという意見も出る中、“火影”として里を守る責任を感じながらも決断を下せずいた。そんなナルトが、偶然見かけた、ボルトら若い下忍たちの姿から大切なことを思い出し…？
ボルトたちと引き離され、ヴィクタと戦う木ノ葉丸は、その場に現れた人物と思い掛けず共闘することになる。だが、ヴィクタが使う“自己再生術”によって相手に決定的なダメージを与えられず苦戦する。一方、ボルトとサラダは、今度こそディーパを倒そうと戦いを挑むも、やはりディーパは手強く、修業によって以前よりも力を付けたはずの二人の攻撃も全く通用しない。それでも何とかして突破口を見出したい二人だが…!?
ヴィクタの研究施設で起きた異変に気付いたボルトとサラダが、急いで現場に駆け付けた。そこで目にしたのは、付近にいる人間たちのチャクラを奪いながら成長してゆくおぞましい植物だった。驚きながらも木ノ葉丸と合流した二人は、協力して植物の暴走を止めようとするが、チャクラを奪うべくすさまじい勢いで枝を伸ばし襲い掛かって来る植物に翻弄（ほんろう）されることになる。さらに、そんなボルトたちの前にディーパが現れ…!? 一度は敗北を喫した相手との再戦が始まる!!
