BORUTO-ボルト- NARUTO NEXT GENERATIONSのあらすじ一覧
“科学忍具班”に異動になったスミレに代わり、“鉄の国”から来たツバキが加わった第十五班。ところが、優秀な“侍”であり、高い能力値を誇るツバキが加わったにもかかわらず任務の成績は思ったよりも振るわず、共同任務ではイワベエたち第五班に手柄を奪われる始末。そこで第十五班はツバキの提案により、己の力を磨きつつ、任務で誰が一番活躍できるかを競い合うことになる。だが、この勝負がさらなる任務の失敗を招くことになる。
“医療忍術”の講習会が行われることになり、各班から代表1人が講習に参加することになった。第七班からはサラダが参加することになるのだが、医療忍術のスペシャリストであるサクラを母に持ちながら、元々、医療忍術があまり得意ではなく、上達もしていないこともあって内心焦りまくる。そんなサラダの気持ちなどお構いなしに、ほかの参加者たちからはサクラの娘であるサラダに期待のまなざしが集まり、ますます追い詰められることに…!?
テントウの護衛任務を終え、サラダやミツキとともに、新たに高難度の“Bランク”任務につくことになったボルト。大張り切りのボルトだが、ポケットの中から、欲しかった“ゲマキ”のレアカードを見つけたボルトは、それがテントウの仕業だと気づき、カードを返すためテントウ父子が滞在するホテルを訪れる。ところがボルトはそこで、テントウの身に危険が迫っていることを知る。大切な“友達”のため、ボルトが下した決断は!?
新たな任務として、ボルトがテントウの護衛をすることになった。“ゲマキ”集めに夢中のテントウは、忍者に興味を持つようになったと言い、ボルトに忍者の修業をつけてくれるように頼む。テントウの根性を叩きなおしてやろうと早速、手裏剣の使い方を教えることにしたボルトだが、テントウが忍者にあこがれる本当の理由を知ったボルトは？ その頃、ボルトたちの鬼灯城への潜入任務以降なりを潜めていた貉強盗団が、再び動き始めていた――。
先日の中忍（ちゅうにん）試験で、会場に突如現れた大筒木（おおつつき）一族のモモシキを倒したボルトの掌に現れた不思議な“印”。久しぶりにそのときのことを夢に見たボルトは、気になってしまい任務に集中できずにいた。そんなボルトが火影（ほかげ）との会談のために木ノ葉隠れ（このはがくれ）の里を訪れた火ノ国（ひ の くに）の大名・まどかイキュウの息子・テントウと出会う。だがテントウは、公務に忙しい父の姿に一抹の寂しさを感じながらも、お付きのヤマオカを引き連れお金にものを言わせて好き放題にふるまうわがまま息子で…!?
船を待つボルトたちの前に、“狢強盗団”No.2の実力を持つと言われるツキヨが立ちはだかる！ コクリを守るために戦うボルトたちだが、相手の影を操り、同等の力を持つ分身として戦わせるツキヨの“月影の術（つきかげ の じゅつ）”に苦しめられることになる。ボルトたちが自分の分身と戦っている間にもコクリに迫るツキヨ。脱出のタイムリミットが迫る中、第七班は、強敵、ツキヨを倒す方法を見出すことができるのか!?
脱獄の準備を整えているはずのサラダから「準備完了」の合図がないまま、脱出用の船の到着時間が迫っていた。この機会を逃せば計画は台無しになってしまうため中止するわけにはいかないと考えるボルトは、サラダを信じ、ミツキやコクリとともにこのまま計画を進める決意をする。 一方、鬼灯城の地下に落下したサラダは、そのときの衝撃で気を失ったままでいた。数々の難関と看守の目をくぐり抜け、ボルトたちの脱獄作戦が始まった！
コクリが“第二鬼灯城”に移送されることが決まってしまった。このままコクリが移送されれば護衛任務ができなくなると考えたボルトたちは、その前にコクリを連れて脱獄しようと計画を立てる。だが成功させるためにはいくつかの条件をそろえる必要があり、サラダを交えて方法を話し合うことにする。ところがその様子をボルトたちと同房のケダマに見られてしまう。ケダマはかつて仲間を“売った”と言われており、密告されれば脱獄前に第七班は窮地に陥ることになるが…!?
コクリの護衛を始めて数日、ボルトたちは何とか順調に任務を進めていた。だがボルトたちにはコクリが何か隠し事をしている気がして仕方がない。そこでボルトたちは、「コクリは信用できるのかを確かめる」というもうひとつの任務を進めることにする。一方、コクリと同じく“鬼灯城”に捕らわれている“狢”幹部のツキヨは、看守長のベンガを使って、手下が捕らわれている“第二鬼灯城”にコクリを移送する手はずを整えようとたくらんでいた。
医療監房への部外者の侵入を防ぐために用意された“木札”が何者かに盗まれたことがわかり、看守たちによる犯人探しが始まった。囚人たちは犯人が見つかるまで監房に閉じ込められ、同房に犯人がいた場合、連帯責任として各々懲罰房に送られることになる。もしもそんなことになればコクリと引き離され任務に支障が出かねないが、事件の経緯からミツキが、犯人が同房にいる可能性が高いことに気づき…!? 刻一刻と捜索の手が迫る中、ボルトたちは、看守より先に犯人を見つけ出すことができるのか!?
コクリを守るため、何とかしてコクリと同じ監房に入ることができないかと考えるボルトたち。ところが看守長のベンガにそれを阻止されてしまう。困ったボルトたちは交渉材料にするため何かベンガの弱みを握ろうと、囚人たちを仕切る“牢名主（ろうなぬし）”ドラグから情報を得ようとするが、ドラグは情報を与える代償として、ボルトたちに“根性試し”をさせることにする。それはこれまで何人もの囚人が挑戦し、無事だった者はいないという危険なものだった。
“草隠れ（くさがくれ）の里”が管理する脱獄困難な刑務所“鬼灯城（ほおずきじょう）”。この“鬼灯城”に、何とボルトとミツキが送られることになった。ふたりはそこで凶悪な盗賊集団“狢（ムジナ）強盗団”を裏切って逃げ出した元メンバーのコクリと接触し、彼を“狢”の刺客から守る任務につくことになる。サラダも正体を隠してあとから合流。第七班による護衛任務が始まった。罪人だらけの監獄で、ボルトたちは無事に任務を成功させることができるのか!?
いのじんが、母のいのが使う“心転身の術（しんてんしん の じゅつ）”を使いこなせるようになろうと考え両親に相談。チョウチョウにも手伝ってもらい、早速修業をすることになる。父のサイも見守る中、母との修業を開始したいのじん。だが、自信のなさもあってかうまく術をかけられず母をいらだたせる。見かねた父がなだめようとするものの母のいらだちはおさまらず、ついには夫婦ゲンカへと発展!? 何とかしようと焦るいのじんにチョウチョウがかけた言葉とは？
第四十班（だいよんじっぱん）として日々任務に励む呉越（ごえつ）ドウシュ、糸井（いとい）つる、鬼熊（おにくま）えんこは、ボルトの元クラスメイトで同期の下忍。その中のひとり鬼熊えんこは、幼い頃に呼び寄せた口寄せの獣にとりつかれたことですさまじい力を発揮できるようになった。ところが最近その力をうまく制御できなくなり、任務にも支障が出始める。そんな第四十班のところに、“拷問・尋問部隊” 隊長、森乃（もりの）イビキが現れ班の解散を伝えると、えんこには、今後イビキの下で任務を行うように告げる。
ボルトの祖父ヒアシの誕生日が近づき、身近な家族でお祝いをすることになった。孫としてプレゼントを用意することになったボルトだが、どんなものなら祖父が喜んでくれるのかがわからない。仕方なく日向家を訪ね、見つからないようにこっそり情報を集めようとするボルト。そこに、「木ノ葉にて最強」と言われる日向一族で当主をつとめるヒアシに勝負を挑もうと、腕自慢の男が現れる。だがヒアシは、臆病者と言われてもなぜかこの勝負を避け、ボルトは、そんな祖父の考えていることがますますわからなくなってしまう。
スミレが、念願だった“科学忍具班”に行くことになり、ワサビとなみだだけになった第十五班に新しいメンバーが入ることになった。そのメンバーとは、“侍（さむらい）”と呼ばれる者たちが暮らす“鉄の国（てつのくに）”から来た少女、鉄（くろがね）ツバキだった。ツバキは、忍者は侍と違って誇りも信念も持たない者たちだと考えていて、忍者を見下していたが、これに対しワサビは、「忍者にも信念はある」と反論。第十五班は険悪なムードになってしまう。
ウラシキとの死闘を終え、ボルトとサスケが、本来いるべき場所へと帰るときがやって来た。ともに戦った自来也や少年時代のナルトとの別れを惜しむボルトだが、そんな中、自来也は、サスケにあることを依頼する。そして、ボルトとサスケは再びときを越え、見慣れた木の葉隠れの里へと帰還する。少年時代の父ナルトとその偉大な師匠、自来也と出会い、知ることのなかった彼らの思いに触れたボルトは何を思うのか？
ボルトの機転で、ウラシキの「未来を見通す」カラクリは暴かれ、何とかダメージを与えることに成功したボルトたち。だが安堵したのもつかの間、再び立ち上がったウラシキがさらなる奥の手を繰り出し、またもや窮地に立たされることに！ これまでの戦いでの疲労も激しい中、ボルトたちは、圧倒的な力を持つウラシキを倒し、ナルトが秘める“九尾”のチャクラと“忍界の未来”を守ることができるのか!?
“九尾”のチャクラを狙うウラシキから少年のナルトを守るため、再び激闘を繰り広げるボルト、サスケ、自来也。だが四人は、「未来を見通せる」と豪語し、どんな攻撃でも見切ってしまうウラシキに追い詰められることになる。そんな中、身を呈してナルトを守ったサスケのおかげでボルトたちは辛くもウラシキから逃れるが、そのままサスケの行方がわからなくなってしまう。そのサスケを偶然見つけて助けたのは、サスケの手がかりを探す少女のサクラだった。
