とある魔術の禁書目録IIIのあらすじ
9月30日の出来事を知るヒューズ=カザキリ。彼女からラストオーダーを救うヒントがもたらされたことで、全てのピースがかみ合い、アクセラレータは動き出す。浜面への復讐に焦がれる麦野は「体晶」を摂取して能力を暴走させる。雪の大地すら溶かし尽くすその力の前にひるむ浜面だったが、もう一度「アイテム」としてやり直す道を模索する。「ベツレヘムの星」では、全ての準備を整えた右方のフィアンマが、最後のキーとなる上条の右手を手にすべく、彼と対峙していた。第三の腕を振るい、遠隔制御霊装でインデックスの知識と術式を駆使し、ついには上条の右腕を巨大な剣が捕らえる。しかし上条は、フィアンマの力の核心にたどり着き、「世界」を救った力を手に反撃を開始する――!
ミーシャ=クロイツェフとヒューズ=カザキリ。激突する二人の天使の間に、ラストオーダーを救うカギを手にするべく、アクセラレータが割って入る。そして「一掃」によって全てをなぎ払うミーシャの前には「神の力」をつかさどる神の右席、かの傭兵が立ちはだかる。上条はミーシャを支える何かを探し、ベツレヘムの星を走る。しかしフィアンマは儀式の準備を終え、最後のピースである「右腕」を手にすべく、上条に迫り――。「クレムリン・レポート」に従って細菌兵器が使用されることを知った浜面は、先立って世話になった集落へと戻り事情を説明。滝壺と二人、計画の阻止に向かう。一方、ロシアでミサカ10777号と合流していた美琴は、ベツレヘムの星に迫る恐るべき攻撃を知り――。
世界各地から聖遺物を集めて組み上がった右方のフィアンマの城「ベツレヘムの星」。半径数十キロに及ぶ巨大な飛行要塞から、サーシャを媒体に呼び出された大天使ミーシャ=クロイツェフが飛び立つ。一転して漆黒となった空で力を振るう大天使を前に、学園都市の戦闘機はなすすべもなく落とされていく。その暴挙を止めるべく、上条は要塞を走る。エリザリーナの処置によって滝壺の体調は回復、学園都市との交渉材料を求めて再びロシア領内へと戻ろうとしていた浜面は、「クレムリン・レポート」の存在と、その標的を知り行動を開始。そしてアクセラレータは、自分の手にある羊皮紙が空に浮かぶ巨大要塞の最後のピースであることを知り、エリザリーナ独立国同盟を出ることを決意する――!