妖怪ウォッチJam「妖怪学園Y 〜Nとの遭遇〜」のあらすじ
【最終回】すっかり日常を取り戻したY学園。いつものように過ごすジンペイたちだが、マタロウだけはなぜか元気がない。ジンペイたちが問いただしてみると、マタロウは親の引っ越しでアメリカへ渡ることになったと告白する。しかも、もう日本に戻ってこられないというのだ。さみしさをあらわにするジンペイたちだが、へこんでるヒマはない。ジンペイたちはマタロウのために送別会を企画。みんなでお菓子やジュースを囲みながら、怪談を語り合う遊び・百物語をやることに。
突如激変したライムの言動によって、一同の間に不穏な空気が流れる。ライム自身も忘れていた、冗談としか思えないようなこの展開…。自分の正体、そして本当にやるべきことをはっきりと思い出したライムは、母なる星の意思を継いで動き出そうとする！ 命はつないで、つながれていかなければいけない――そう強く思っているジンペイは、なんとかしてライムを救おうとするが…。アトランティス、そしてライムの運命はいかに!?
アトランティスの超科学によって生み出されてしまったモンスター「オズマ」…。オズマはアトランティスの都市を次々に破壊し、自らの体と融合して巨大化を続けており、このままではあと48時間でアトランティスは消滅してしまう。アトランティスを救うべく誕生した超文明HERO「テラノーグ」は、オズマとの最終決戦を明日行うと宣言する。テラノーグに協力することにしたジンペイたちは、それぞれの思いを胸に最後の戦いに臨もうとしていた。そんななか、テラノーグことライムは、自らの出生について思いをはせる。自分はオズマを止めるために生まれた救世主…アトランティスの地に生まれた時からそう悟っていたライムは、独りでオズマに挑む決意を固めるが…。
ワームホールからジンペイたちがワープしてきた先は、なんと、はるか昔に栄えたとされる伝説の超古代文明の世界「アトランティス」！ 古代とは思えないほどの未来的な街や人々に驚く一同。そして今まで隠されてきた、ラナの正体が明らかになる。指導者であるアマーナ・エトラムスは、アトランティスを救う力を手に入れたいと言うが、無限のエネルギーを生み出し、未来永劫（えいごう）の繁栄を約束されたはずのアトランティスに、一体何が起こっているのか…？ 時代を股に掛けた、ジンペイたちの新たな戦いが今、始まる!!
負傷者が続出する壮絶な戦いとなった「IKUSA」だが、ついに中等部と高等部の対立に終止符が打たれた。そして豪万蛇は、中等部をつぶそうとした真の理由をジンペイたちに告白するのだった。それは今から1ヶ月前のこと。Y学園の支援者を自称する学校経営コンサルタント・知帝来人が、豪万蛇を訪ねてきたのだという。知帝は、中等部の一部の生徒がYSPウォッチという不可解なものを使用して謎の力を操り、学園の品位を低下させていると熱く訴え掛けてきたらしい。そして彼から魔神ウォッチを得た豪万蛇は、中等部との抗争を企てたのだった。つまり、今回の騒動の首謀者は知帝…。須佐野の話では知帝はあのUGカンパニーの者だというが、彼らの本当の狙いとは？
