鎌倉殿の13人のあらすじ一覧
承久元（1219）年7月。源氏の末流・源頼茂（井上ミョンジュ）は、次期鎌倉殿が九条家の三男・三寅に決まったことを不服として謀反を起こす。内裏の仁寿殿にこもった頼茂は火を放って宝物とともに内裏を焼失させ、自害してしまう。朝廷の象徴である内裏が焼け落ちると、後鳥羽上皇は再建費用を日本中の武士から取り立てることを決める。だが、義時は政子と大江広元（栗原英雄）の支持を得て、要求の先送りを決断。泰時をはじめ御家人たちが後鳥羽上皇との関係の悪化を心配する中、義時はかたくなに要求に応じぬ態度を貫く。一方、三浦義村は京で大番役を務める弟・胤義（岸田タツヤ）にあることを頼む。
建保7（1219）年2月。実朝（柿澤勇人）と公暁（寛一郎）の死により鎌倉殿の不在が続く中、義時と大江広元（栗原英雄）は新たな鎌倉殿を迎えようと朝廷に伺いを立てる。源氏の嫡流は、頼朝（大泉洋）の異母弟で謀反の罪で斬首された阿野全成（新納慎也）と妻・実衣（宮澤エマ）の息子・時元（森優作）ただ一人に。そのため、実衣が野心を燃やし、三浦義村が暗躍する中、京では鎌倉への不信感をさらに高めた後鳥羽上皇が、藤原兼子（シルビア・グラブ）、名僧・慈円（山寺宏一）と共に今後を見据え、鎌倉への圧力を強めていく。一方北条家では、のえが愛息・政村（新原泰佑）を鎌倉殿の跡継ぎにと義時に相談を持ちかける。
建保7（1219）年1月27日。実朝（柿澤勇人）の右大臣昇任を祝う拝賀は、京から大納言を招いて鶴岡八幡宮で盛大に執り行われる。泰時や朝時（西本たける）らが中門の警固をする中、公暁（寛一郎）は門弟たちと共にイチョウの木の陰に潜んでいた。一方、義村は御家人たちに交じり、状況を静観する。そして義時と時房（瀬戸康史）は今後の鎌倉と自身の命運を賭し、儀式を見守る。式を終えて楼門から出てきた実朝を、待機していた源仲章（生田斗真）らが迎えて整列する。その時、イチョウの木の陰に潜んでいた公暁がある行動に出る。大階段の回廊にいた義時や義村らは公暁の行動に対し、動じることなく行く末を見据える。
建保6（1218）年12月。鎌倉殿・実朝（柿澤勇人）は後鳥羽上皇の計らいで目覚ましい昇進を遂げ、武士として初の右大臣の官職を授けられる。政子が愛息の栄達を喜ぶ中、鎌倉殿への野心に燃える公暁（寛一郎）は三浦義村の元を訪れ、鶴岡八幡宮で執り行われる拝賀について密談を交わす。一方、三浦館を偵察していた泰時は館の動きに胸騒ぎを覚える。建保7（1219）年1月27日。実朝の右大臣昇任を祝う拝賀が執り行われる日。泰時からある理由で儀式の中止を注進された義時は、実朝と朝廷と鎌倉の橋渡し役の源仲章（生田斗真）に中止を進言するが、一蹴される。そして仲章から、のえにあることを教わったと鎌をかけられる。
建保5（1217）年6月。鎌倉殿・実朝（柿澤勇人）に嫡男が誕生しなかったことから、鎌倉は後継者問題でくすぶる。そんな中、亡き頼家（金子大地）の次男で出家していた公暁（寛一郎）が、園城寺での修行を終え、6年ぶりに鎌倉へ戻ってくる。政子の意向により鶴岡八幡宮の別当に就任した公暁は、鎌倉殿になることへの強い意志を宿しており、乳母夫である三浦義村と共謀する。一方、実朝は鎌倉殿の跡継ぎとして京より養子を取ることに決め、公暁は驚く。到底納得できない義時と実衣（宮澤エマ）は実朝の言動に不満を抱き、思案を巡らせていた。程なく、実朝の相談に対する後鳥羽上皇からの返事が届く。
建保2（1214）年6月。和田義盛（横田栄司）の一件で決意を新たにした実朝（柿澤勇人）は、後鳥羽上皇を手本とし、何事も人任せにせず自ら裁定を下すことを決める。そして強い要望で泰時を側近として評議に加え、政を進めることに。一方、鎌倉内での地位を盤石なものとした義時は政を主導するため、のえに勧められて父・時政（坂東彌十郎）と同じ“執権”を名乗ることを決断。未熟な実朝らをけん制する義時に対し、政子は二人の関係がうまくいっていないことに気をもむ。2年の月日が流れ、源仲章（生田斗真）が東大寺大仏殿の再建に尽力した宋の技術者・陳和卿（テイ龍進）を京から連れてきて実朝に謁見する。
建暦3（1213）年5月。信濃で起きた事件が原因で義時と和田一族に深い溝ができる。義時は鎌倉を守るため大江広元（栗原英雄）と共謀し、反北条の旗頭となった和田義盛（横田栄司）の排除をもくろむ。一方、戦を回避するべく鎌倉殿・実朝（柿澤勇人）と政子が奔走する中、三浦義村、八田知家（市原隼人）ら有力な御家人たちは、義盛の陣営に集い情勢を見定めていた。そんな中、父・義盛の行く末を心配する義盛の三男・朝比奈義秀（栄信）らが打倒北条を目指して決起する。その後、義時らの元を訪れた義村は、挙兵した和田勢が三手に分かれ、広元の館、義時の館、そして御所を襲撃する計画だと義時に伝える。
建暦2（1212）年春。後鳥羽上皇は、火事で焼失した閑院内裏の修復を計画する。計画を聞いていた後鳥羽上皇の乳母・藤原兼子（シルビア・グラブ）は、内裏の修復を鎌倉にやらせればよいと進言。それを聞いた後鳥羽上皇と慈円（山寺宏一）は笑みを浮かべる。一方、京からの知らせが届いた鎌倉では、閑院内裏の修復作業は重い負担になると御家人たちが反発。そんな中、鎌倉殿・実朝（柿澤勇人）からも慕われる義盛（横田栄司）が旗頭となり、八田知家（市原隼人）や長沼宗政（清水伸）らを館に招いて議論する。義時はその場にいた時房（瀬戸康史）から状況を聞き、義盛の姿勢を苦々しく思う。
久しぶりに鎌倉に穏やかな時が流れる中、疱瘡を患って数カ月間床に伏せていた実朝（柿澤勇人）の体調が回復し、実朝の正室・千世（加藤小夏）も安堵する。実朝の快気に喜ぶ政子と実衣（宮澤エマ）は、いまだ実朝と千世との間に世継ぎがいないことを気にかける。一方、時政（坂東彌十郎）に代わって政を取り仕切る義時は、御家人たちが謀反を起こさぬよう政の仕組みを刷新したいと大江広元（栗原英雄）に打ち明ける。しかし、その強引な手法に三浦義村や和田義盛（横田栄司）らが不満を募らせる。その頃、泰時は実頼から受け取った慣れない和歌に悪戦苦闘し、源仲章（生田斗真）に相談を持ちかける。
時政は実朝（柿澤勇人）を鎌倉殿から引きずり下ろし、平賀朝雅（山中崇）を鎌倉殿に担ぎ上げるべく画策。実朝派の中心人物の義時は、鎌倉殿をすり替えようとする時政に立ち向かい、北条親子による主導権争いは激しさを増す。そんな中、時政とりくは三浦義村（山本耕史）に命じて実朝を屋敷へと連れ込み、鎌倉殿の座を朝雅に譲るよう迫る。一方、義時は泰時、時房（瀬戸康史）、八田知家（市原隼人）らを率いて時政の屋敷を包囲。一同は攻め込む機会を慎重に見定める。そして張り詰めた空気が鎌倉を覆う中、りくが政子の元に現れる。りくは夫である時政を助けてほしいと政子に頼み込む。
元久2（1205）年閏7月。政子や大江広元（栗原英雄）らと新体制を始動させた義時は、泰時を傍らに置き、御家人からの反発を一身に浴びる時政と強い覚悟で向き合う。一方、政の仕組みが変わり時政を蚊帳の外に置かれたりくは、実父をないがしろにする義時に憤慨する。そして実朝（柿澤勇人）を鎌倉殿から引きずり下ろし、平賀朝雅（山中崇）を鎌倉殿に担ぎ上げて対抗することを画策。りくは三浦義村（山本耕史）を誘い、反撃ののろしを上げる。これまで幾多の争いを勝ち抜き、権力を手中にした北条家内部の対立が激化。そんな中、和田義盛（横田栄司）の元を訪ねた実朝は、義盛から頼朝（大泉洋）との武勇伝を聞く。
元久2（1205）年6月。りくと時政の愛息・政範（中川翼）の不可解な死をきっかけに、時政と義時が絶大な信頼を寄せる重忠（中川大志）との対立が激化する。政範の死因は畠山家だと断言するりくを信じてやまない時政は、重忠を謀反人に仕立て上げる。そして時政は、鎌倉殿・実朝（柿澤勇人）から重忠討伐の下文を得て御家人たちを招集。三浦義村（山本耕史）、和田義盛（横田栄司）、稲毛重成（村上誠基）らが集い、重忠への対応を協議する。一方、重忠は武蔵国をたち、手勢を率いて鎌倉を目指す。そんな中、時政によるだまし討ちだと知った義時は、政子や時房（瀬戸康史）らと共に事態の収拾を図る。
元久元（1204）年12月10日。3代目鎌倉殿・実朝（柿澤勇人）の妻になる後鳥羽上皇（尾上松也）のいとこ・千世（加藤小夏）が鎌倉に到着し、婚礼が近づく。政子や実衣（宮澤エマ）らは、千世を出迎える。だが、将来を嘱望され京から凱旋する愛息・北条政範（中川翼）を心待ちにしていたりくは、政範の不可解な死を知って失意に沈み、千世と会うのを断ってしまう。そんな中、りくの娘婿・平賀朝雅（山中崇）が、畠山重忠（中川大志）とちえ（福田愛依）の嫡男・重保（杉田雷麟）を巡る疑惑をりくに告げる。一方、朝雅の振る舞いについて重保から相談された義時は、政範の死に重保は無関係だと時政に訴える。
元久元（1204）年。頼家（金子大地）に代わって3代目鎌倉殿に就任し、政治の表舞台に立った実朝（柿澤勇人）は、後鳥羽上皇（尾上松也）のいとこ・千世（加藤小夏）との婚姻が決まる。りくは政子の心配をよそに、実朝の婚姻を喜ぶ。その頃、京では後鳥羽上皇が側近の源仲章（生田斗真）や中世きっての名僧・慈円（山寺宏一）らと鎌倉の行く末について思いをはせていた。そんな中、執権（政所別当）の時政は重忠（中川大志）に対し、代々受け継いできた惣検校職の役目を返上し、比企家の後継として武蔵守に就くよう求める。重忠は時政が武蔵を奪い取る気ではと疑念を抱き、義時に相談を持ち掛ける。
