新幹線変形ロボ シンカリオンＺのあらすじ一覧
大宮支部で運転士一同を集めて懇親会が開かれることになった。しかし、スマットの様子がおかしい。慕っていたアブトが敵になってしまったショックで、スマットは無意識のうちにアブトに関わるデータを封印しようとしているらしい。スマットを元に戻すため、シンは横川にあるアブトの家に向かう。その頃、度重なる敗北に戦士としての誇りを傷つけられたワダツミは、自らの全てを懸けてシンカリオンとの決着をつけようとしていた。
細川が開発を進める「ザイライナー３２３オオサカカンジョウ」が完成間近。京都でＺコードを探し始めるシンたちだが、「アブトの夢」という手掛かりがなくなったために場所の見当さえつかない。疲れ果てたシンたちを、ギンガは自分のライブに誘う。一方、ついに父・トコナミとの再会を果たしたアブトは、彼こそがダークシンカリオンの開発者であることを知る。さらに、トコナミには重大な秘密があるようだった。
鮮やかなデビューを飾った「シンカリオンＺ５００こだま」の運転士・嵐山ギンガに会うため、シンたちは新幹線超進化研究所京都支部を訪れる。ギンガは芸能事務所に研究生として所属するアイドルの卵で、キラキラした雰囲気を持つ異色の少年だった。なぜか適合率が下がってしまい、元気のないシン。そんな彼を見て、ギンガはチームシンカリオンの「センター」を自分が務めると言い出し、シンたちを驚愕（きょうがく）させる。
シンが「シンカリオンＺＥ５はやぶさ」に乗って戦っていることが姉のアユと母のトキにバレてしまった。シンは自分のやっていることを理解してもらうため、二人を横川の鉄道文化むらの「車両ペイントイベント」に誘う。鉄道文化むらには、ハナビやタイジュの家族や大宮支部のスタッフたちもやって来ていた。その頃、細川は島から特別な任務を任される。それは、京都支部の「シンカリオンＺ５００こだま」のＺ合体に関する重大な任務だった。
アブトが父の設計図どおりに作った「シンカリオンＺＮ７００Ｓのぞみ」と「ザイライナーＨＣ８５ヒダ」のＺ合体テストが失敗してしまう。このままでは父に追いつけないと焦るアブトは、島に連れられてかつての父の職場を訪れる。そこは、鉄道の技術革新の担い手・先導役である「鉄道総合技術研究所」だった。その時、関ヶ原に巨大怪物体が出現。シンカリオンＺを待ち受けていたのは、ソウギョクが仕掛けた無数の敵だった。
アブトが夢で見た名古屋へやって来たシンたち。同じころ、超進化研究所名古屋支部では、安城シマカゼ、安城ナガラという二人の兄弟が「シンカリオンＺＮ７００Ｓのぞみ」の運転士を決める最終試験に臨んでいた。試験の結果は両者合格。しかし、兄のシマカゼは運転士の座を弟のナガラに譲り、自分は辞退してしまった。シマカゼに逃げられたようで気にくわないナガラ。その時、名古屋港に巨大怪物体が襲来する。
突如九州に現れた巨大怪物体を退けたのは、空を飛ぶ新たなシンカリオン、「シンカリオンZ800つばめ」だった。運転士は中洲ヤマカサ。シンたちよりひとつ上の小学6年生で、知力・体力ともに非常に優秀な運転士だという。Zコードを探すため、ヤマカサと共に太宰府周辺を探索するシンたち。だが、重大な問題が発生した。なんと、ヤマカサはシンの妖怪話を「非科学的だ」と言い放ち、まるで取り合おうとしなかった。
シンとE5はやぶさが大宮支部に引っ越す日が近づいてきた。しかし、アブトは同行せず、横川支部に残るという。納得できないシンとスマットが理由を問いただすと、アブトは自分の家族のことを語り出す。一方、大宮支部にはE5、E6、E7が集結。ハナビとタイジュ、横川支部のスタッフと共に、かつての戦いを経験した新しい仲間たちも顔をそろえていた。そこに巨大怪物体が現れ、大宮支部での戦いが幕を開ける。
シンカリオンの整備士、細川が「妖怪を捕まえた！」と駆け込んで来た。細川によると、捕まえたのは人間に化ける「バケダヌキ」だそうだが、シンたちの前にいるのは普通のタヌキにしか見えず、妖怪だという証拠はどこにもない。そんな中、シンだけは「バケダヌキと友だちになる！」と目を輝かせる。その頃、シンカリオンによって何度も巨大怪物体を退けられたワダツミは、自らの力で横川支部を襲撃しようともくろんでいた。
「シンカリオンZE6こまち」の運転士・大曲ハナビは、ロックンロールをこよなく愛する熱い少年だった。彼の実家は、秋田県大曲名物の花火を作っている花火工場。ハナビは花火師になるという夢を追い掛けながら、自分が好きな音楽の道も、シンカリオンの運転士の道も、本気でやっていると言う。だが、ハナビの父・タネビは、やりたいことをいくつも掛け持ちしているハナビの生き様を認めようとしなかった。
シンたちは「E6系こまち」に乗って、アブトが夢で見た盛岡駅に「Zコード」を探しに行くことになった。Zコードは日本全国に隠されており、それを見つけることで新たなザイライナーが閉塞解除されるという。どうしてZコードのヒントがアブトの夢に出てくるのか？ どうしてZコードを全国に隠したのか？ シン、アブト、スマットは不思議に思いながらも、新しいザイライナー、新しいZ合体を見つけるために、盛岡駅周辺を探し歩く。
