ミルドレッドの魔女学校 シーズン3のあらすじ一覧
魔法界の大スターである、イーニッド（声：神田愛莉）の母が来校する。彼女の披露する見事な魔法に生徒が喜ぶのを見て、インディゴ（声：下田レイ）は公園でマジックショーをやっていた日々を思い出し、とある行動に出る。一方イーニッドは、母はいつも自分より仕事を優先していると感じ、あることをしてしまう。
教頭・ヘカテ（声：高乃麗）の話を聞いたミルドレッド（声：鈴木梨央）が30年前に石になってしまった少女の像に語り掛けると、なんと少女は石から元の姿に戻る。少女は親友がまだ学校にいるものと思い込んでおり、捜し出そうと必死になる。ミルドレッドは本当のことを教えずに、部屋に少女をかくまおうとする。
カックル魔女学校から生徒や教師たちが次々と姿を消していく。ミルドレッド（声：鈴木梨央）は、ジュリー（声：石塚理恵）が作っている学校の模型に姿を消した人の人形が閉じ込められていることから、全てジュリーの仕業だったことを知る。ジュリーの暴走を止めるため、ミルドレッドはヘカテ（声：高乃麗）に全てを話す。
カックル魔女学校である配信ゲームが大流行する。しかし、なぜかゲームで遊んでいる生徒の魔力が少しずつ弱くなっていき、さらには、生徒や先生の姿が見えなくなってしまうという不可解な現象が起こる。ミルドレッド（声：鈴木梨央）はゲームの謎を解明すべく動き回り、ゲームに潜む真実を突き止める。
ミルドレッド（声：鈴木梨央）親子のことが気に入らないエセル（声：嶋村侑）は、いら立ちに身を任せて魔法を使っていた。すると手に変化が起き始め、とんでもない姿になってしまう。一方、魔法が使えるようになったミルドレッドの母・ジュリー（声：石塚理恵）は、力を使いこなせず、ミスを犯してしまう。
ミルドレッド（声：鈴木梨央）の母・ジュリー（声：石塚理恵）が、美術教師として魔女学校にやって来る。校長のカックル（声：勝生真沙子）は、いろいろな教師がいることで多様性のある教育ができ、ミルドレッドの目付け役としてもぴったりだと考えていた。しかし、魔女ではない者が教師になることに反対の声が上がる。
