こちらベスト探偵団のあらすじ一覧
公園で女の子がドローンを高く飛ばし過ぎて、風に流されてしまう。近くで見ていた探偵団は、ドローン捜しに協力することに。ドローンのカメラが映した映像を見ると、ある家にたどりつく。またある日、モーディー（アンナ・クック）が誕生日パーティーをしたことがないと聞き、ベスト探偵団はお祝いをする。
校長先生の大切なマグカップが校長室から消えてしまう。その日の朝、タン先生が校長室に行った時はそのマグカップはあったと言う。一方、エズラ（アストン・ドゥルーマー）の妹・ポピーが帽子をなくし、校庭の日よけ小屋で泣いていた。だが、学校では帽子をかぶらないと校庭で遊んではいけないという決まりがある。
美術の発表会で、入選したエスターの絵に穴があいているのが見つかる。絵の近くには誰もいなかったが、わずかな時間でどうして穴があいたのか究明する。またある日、ライアンが、預かっていたクラスの亀が家の裏庭で盗まれたと言う。探偵団は亀捜しを手伝うことにするが、裏庭には外から誰かが入った形跡はなかった。
アニーが科学展に出品した研究のサンプルが盗まれた。調査に乗り出したベスト探偵団は、近くのブースの出品者たちがアニーに対抗心むき出しなのを見て、彼らを疑う。またある日、エイバ（アビー・バーグマン）学校劇のリハーサルで演出助手をすることに。しかし、やる気とは裏腹に劇の準備は全然進んでいなかった。
マニアッチの自慢のバラは、毎年コンテストで優勝している。今年も優勝を狙うが、遠方の結婚式に出るため家を空けることに。連続優勝のピンチに陥ったところ、モーディー（アンナ・クック）がある提案をする。またある日、ケリーから探偵団に家庭教師の依頼が。モーディーは家庭教師はせずに、潜入調査を行う。
遠足の日、タン先生が保護者の同意書が入ったファイルがないと言いだす。子供たちは同意書がないと遠足に参加できない。またある日、モーディー（アンナ・クック）が事件のことを書きこんでいる大切な手帳をなくしてしまう。エイバ（アビー・バーグマン）らは、モーディーが手帳を使った場所をたどってみる。
エズラ（アストン・ドゥルーマー）のスマホに番号非通知の無言電話が。同様に近所の人も無言電話に悩まされており、相手はくしゃみをして鼻をすすっているのが特徴だった。また、カイル（ジャミル・スマイス＝セッカ）が運動会の100m走で1位を狙う。しかし、負けてしまい、ショックから運動会の旗を投げ捨てる。
エイバ（アビー・バーグマン）はピクシーに無視されていた。お泊まり会の時にエイバにだけ話した秘密を、他の子が知っていたからだと言う。しかし、エイバは秘密を誰にも話していなかった。またある日、転校生のベンはクラスでなじめずにいたが、大きな円盤型のチョコ菓子をまるごと口に入れたことで人気者になる。
宿題の提出日、エイバ（アビー・バーグマン）の親友・ピクシーが作ったピンク色の模型が消える。ピクシーは確かに持ってきたと言うが見当たらない。また、ダンス教室に通う男の子から探偵団に依頼が。発表会で誰かが曲に細工をしたために、ダンスを失敗してしまったという。犯人を突き止めるためダンス教室へと向かう。
