EDENS ZERO 第2期のあらすじ一覧
ネロの息子、ポセイドン・シュラは葵宇宙の民の前で「全ての機械を抹消するジャッジメント・デイを開始する！」と高らかに宣言。そのことを知ったシキたちはシュラを止めることを決断する。シキの本気の意思を確認したラグナは、「砂の惑星サンドラに手を貸してくれそうなやつがいる」と告げる。そこで、サンドラに入ったシキたちは、ポセイドン・ネロに立ち向かう組織のもとを訪れる。
シキたちは、ゼノリスによる拘束下でのエーテル低下克服VR訓練、“緊縛訓練”を受ける。だが、訓練中に突然ジギーが姿を現し、レベッカを重力で痛めつける。それを見たシキは、怒り、拘束をといてジギーに襲い掛かる。だが、それはゼノリスがわざと見せた映像だった。その後、シキたちは、どんどん厳しさを増すゼノリスの修行に音を上げてしまう。
シキとホムラは星系連盟軍ジャスティス、ビクトリー、クリードに遭遇する。彼らはシキのエーテルが“魔王”だと確認すると二人に敵意を向けてくる。シキはジャスティスの圧倒的な力の前になすすべもなく倒れ、絶体絶命のピンチにエルシーが駆け付ける。一方、衛星サーバー内部のワイズとハーミットは、ハーミットが人間不信に陥った元凶である、オーテックと化したミュラー博士とたいじしていた。
ブリトニーとの戦闘で苦戦を強いられ町に戻って来てしまったレベッカはブリトニーを倒す方法を思い付き、巻き返しを図る。その頃、フォレスタ宙域ではロボットたちをおかしくしたウイルスの発信源である巨大衛星サーバーを破壊するため、ワイズとハーミットはサーバー内部へと侵入する。そこで待っていたのはハーミットにとっては忘れられない人物だった。
シキたちはフォレスタへ到着するが、そこではジギーの手によってロボットたちが人間を支配していた。カウチポと再会するも大勢のロボットたちに見つかり追われてしまう。そんな中、シキたちは一体の正常なロボットに出会い、助けを求められるが、シキの目の前でポセイドン・ネロ遊撃隊の獣王“ビースト”モラに狙撃され破壊されてしまう。
マザーのレリーフがあしらわれた神殿の中で、シキたちは守り人ナディアと出会う。神殿の奥にマザーへの手掛かりがあることをナディアから聞いたシキたちは最深部へ道を進むが、そこは灼熱の洞窟だった。シキたちは炎に行く手を阻まれ、引き返すことに。一方、様子をモニタリングしていたウィッチは“ある策”を思い付き、惑星ブルーガーデンへと向かう。
ドラゴンフォールを突破し、銀河六魔将の一人、ポセイドン・ネロの支配する葵宇宙へ到着したシキたちは、ウィッチの提案で炎の惑星レッドケイブへ向かうことに。レッドケイブは水のエーテルに満ちあふれ、海に覆われており、“炎の惑星”とは思えない環境だった。そんな中、海でしばしの休息を楽しむエデンズゼロのクルーたちは、海底に沈む町を発見する。
