EDENS ZERO 第2期のあらすじ一覧
【最終回】シキたちが、グッドウィン率いる反乱軍オアシスを訪れ共闘を申し入れていると、突然帝国軍の襲撃を受ける。大規模な戦闘に突入し、シキたちとオアシスは共に応戦するが、帝国軍にはフォレスタで相対したオークも帯同しており、機械を抹殺するためのとんでもない作戦を決行しようとしていた。
ネロの息子、ポセイドン・シュラは葵宇宙の民の前で「全ての機械を抹消するジャッジメント・デイを開始する！」と高らかに宣言。そのことを知ったシキたちはシュラを止めることを決断する。シキの本気の意思を確認したラグナは、「砂の惑星サンドラに手を貸してくれそうなやつがいる」と告げる。そこで、サンドラに入ったシキたちは、ポセイドン・ネロに立ち向かう組織のもとを訪れる。
シキたちは、ゼノリスによる拘束下でのエーテル低下克服VR訓練、“緊縛訓練”を受ける。だが、訓練中に突然ジギーが姿を現し、レベッカを重力で痛めつける。それを見たシキは、怒り、拘束をといてジギーに襲い掛かる。だが、それはゼノリスがわざと見せた映像だった。その後、シキたちは、どんどん厳しさを増すゼノリスの修行に音を上げてしまう。
ワイズとハーミットはミュラー博士を倒す。フォレスタを脱出し、エデンズゼロに戻ってきたシキたちはエルシーと通信し、互いの無事を確認する。一方、ウィッチは親友を失ったフォレスタの少女・アルナに優しい言葉を掛け抱きしめる。また、クリーネはシスターの治療によって笑顔を取り戻し、ジンはその笑顔を見て涙する。
過去に決着を付けるため、エルシーとジャスティスは死闘を繰り広げる。互いのエーテルがぶつかり合うその瞬間、シキの前に現れた魔械流柔術創始者ゼノリスの“重心”が発動する。エルシーとジャスティスも影響を受け、互いに重傷を負うも決着はつかず戦いは中断することに。そんな中、自らをジギーの師匠と語るゼノリスにシキは驚く。
シキとホムラは星系連盟軍ジャスティス、ビクトリー、クリードに遭遇する。彼らはシキのエーテルが“魔王”だと確認すると二人に敵意を向けてくる。シキはジャスティスの圧倒的な力の前になすすべもなく倒れ、絶体絶命のピンチにエルシーが駆け付ける。一方、衛星サーバー内部のワイズとハーミットは、ハーミットが人間不信に陥った元凶である、オーテックと化したミュラー博士とたいじしていた。
ブリトニーとの戦闘で苦戦を強いられ町に戻って来てしまったレベッカはブリトニーを倒す方法を思い付き、巻き返しを図る。その頃、フォレスタ宙域ではロボットたちをおかしくしたウイルスの発信源である巨大衛星サーバーを破壊するため、ワイズとハーミットはサーバー内部へと侵入する。そこで待っていたのはハーミットにとっては忘れられない人物だった。
シキたちはフォレスタへ到着するが、そこではジギーの手によってロボットたちが人間を支配していた。カウチポと再会するも大勢のロボットたちに見つかり追われてしまう。そんな中、シキたちは一体の正常なロボットに出会い、助けを求められるが、シキの目の前でポセイドン・ネロ遊撃隊の獣王“ビースト”モラに狙撃され破壊されてしまう。
ウィッチがブルーガーデンから連れて来たのは元ドラッケン・ジョーの部下ラグナだった。ラグナの協力でマザーへの手掛かりを得たシキたちはレッドケイブを発ち、緑の惑星フォレスタを目指す。一方、スカルフェアリー号で葵宇宙を航行中のエルシー海賊団は星系連盟軍ジャスティスの追跡を受ける。
マザーのレリーフがあしらわれた神殿の中で、シキたちは守り人ナディアと出会う。神殿の奥にマザーへの手掛かりがあることをナディアから聞いたシキたちは最深部へ道を進むが、そこは灼熱の洞窟だった。シキたちは炎に行く手を阻まれ、引き返すことに。一方、様子をモニタリングしていたウィッチは“ある策”を思い付き、惑星ブルーガーデンへと向かう。
ドラゴンフォールを突破し、銀河六魔将の一人、ポセイドン・ネロの支配する葵宇宙へ到着したシキたちは、ウィッチの提案で炎の惑星レッドケイブへ向かうことに。レッドケイブは水のエーテルに満ちあふれ、海に覆われており、“炎の惑星”とは思えない環境だった。そんな中、海でしばしの休息を楽しむエデンズゼロのクルーたちは、海底に沈む町を発見する。
エーテルギア“キャットリーパー”の力が発動し、レベッカはベリアル・ゴア潜入作戦前にタイムリープする。レベッカの話を聞いたシキはベリアル・ゴアに真っ向から突入し、ホムラも加わった“魔王四煌星”が改めてエレメント4と相対することになり、4対4のバトルが始まる。一方ドラッケンのアジトにたどり着いたシキたちの前に「レベッカに伝えたいことがある」とマスターノアが現れる。
