ソードアート・オンライン オルタナティブ ガンゲイル・オンラインIIのあらすじ一覧
城に立てこもったNPCは想像を絶した強さで、MMTMもSHINCもあっさりと全滅させられてしまう。続いてZEMALが「敵対勢力にあらず。俺たちを城に入れてくれ！」と書かれたプラカードを掲げて城に入ろうとするが、こちらはピトフーイの妨害で失敗する。このときのNPCの攻撃でLPFMは虎の子とも言うべきドローンが撃ち落とされてしまう。そこでピトフーイは、他のチーム全員に協力プレイを申し出ることを提案する。T-SとZEMAL、MMTM、SHINCと共に城攻めを開始する。
激動のSJ3から1カ月が過ぎた。北海道に帰省した香蓮は、GGOを続けるかどうか迷っていると美優に打ち明ける。だが美優は香蓮の本当の悩みが、エルザや咲から向けられるピュアなライバル心に困っていること、そしてGGOでの殺し合いに戸惑いつつも、戦う楽しさに魅了されていることだと見抜く。そんな中、GGO運営からSJとは違う、新しいゲームへの案内が届く。その内容は、「専用特設フィールドで新型NPCたちが守る“拠点”を、複数チームで同時に攻略する」というものだった。
島の中央に向かったレンたちは、そこに鎮座する豪華客船を発見する。島は依然として沈み続けており、この船に乗り込まないと溺死してしまう。だが船にはBTRYが待ち構えており、うかつに近づけない。どのチームが先に動くのか、残存チームがけん制し会っている中、豪華客船から小型艇が落下し、船体下部の侵入口を次々とふさいでいく。覚悟を決めたLPFMはエムの射撃を合図に突撃し、同時に他のチームも客船へと向かう。BTRYと残存チームの生き残りを懸けた決死の戦いが始まる。
運営チームから衝撃の特別ルールが発表される。それは残った6チームからそれぞれ一人が“裏切り者”として選ばれ、新たにチームを結成するというものだった。LPFMからはピトフーイが、SHINCからはチームリーダーのエヴァが選ばれる。ピトフーイはレンと戦えることを喜ぶ。エヴァはレンと戦えることを願って潔くチームを抜ける。そして全ての“裏切り者”たちがUNKNOWNに設置されていた豪華客船で合流し、これをもって最恐チーム“ビトレイヤーズ”(BTRY)が結成される。
クラレンスとシャーリーによって連合チームは壊滅する。その二人も激闘の末、相討ちになり、KKHCも全滅する。LPFMは貨車の中にあったトラックに乗り、無人の野を行くがごとく悠々とUNKNOWNへと向う。一方、島の南東部に転送されたSHINCは、スキャンを待たずに進軍を開始する。その途中で荒くれ者のチームBKAと遭遇し、あっさりとこれを撃破する。続いて光学銃だけを装備するRGBと遭遇する。光学銃対策を万全にしてきたSHINCは対戦車ライフルによる遠距離狙撃でRGBをやすやすと壊滅させる。
LPFMは、連合チームの多くを返り討ちにするが、その間にも島は沈み、活動可能エリアは大幅に減少していた。レンたちは海側を避け、連合チームが固まっている北東を突っ切る作戦を立てる。その頃、クラレンスは連合チームに参加。二人ずつのチームに小分けになり、LPFMに波状攻撃を仕掛ける作戦を提案する。だが作戦開始直後、クラレンスが裏切り、味方に牙を剥く。さらに、KKHCを離れ単独行動をしているシャーリーも連合チームに攻撃を加える。
SJ3がスタートする。今回のフィールドは四方を海に囲まれた島だった。小高い丘になった中央部分は“UNKNOWN”と記されている。「このUNKNOWNが、今回の“特別ルール”かな？」と、レンがそんなことを考えたとき、海岸の水位が上がっていることに気づく。フィールドである島が少しずつ沈んでいた。レンたちは、どんな危険があるか分からないUNKNOWNに向うことを余儀なくされる。その途中で、優勝候補のLPFMを倒すために手を結んだ連合チームに襲撃される。
レンの準優勝で終わったチームバトル“セカンド・スクワッド・ジャム(SJ2)”から3カ月後。“サード・スクワッド・ジャム(SJ3)”の開催が発表される。それから程なくしてピトフーイ、エム、フカ次郎、そしてレンによる最強チーム“LPFM”が結成されたというニュースが流れる。レンに執着するクラレンス、ピトフーイをキルしようと闘志を燃やすシャーリー、SJ1でレンに負けた雪辱を晴らそうとするSHINCの面々など、SJ2を上回る白熱の狂宴が間もなく始まる。
