名探偵プリキュア！のあらすじ
家入しるくが出演する舞台に招待されたあんなとみくる。劇場を訪れると、しるくのマネジャーである安藤みわに声をかけられ、楽屋でしるくと再会する。するとそこで、しるくの元に怪盗団ファントムから予告状が届いていたことを打ち明けられる。開演まで劇場内を見回る中、あんなはるるかの姿を見かける。
再びキュアット探偵事務所にやって来た来栖エリザは、「探偵になる！」とあんならに宣言。以前、迷いネコのミーコを見つけたときの依頼者の笑顔が自分の探偵魂に火をつけたのだと打ち明け、自分を探偵事務所に入れてほしいと頼み込む。あんならが驚いていると、エリザの担当編集者である辺見頼子が後を追って訪れる。小説の締め切りが迫っているため、エリザを連れ帰ろうとする辺見だったが、その様子を見たみくるは、「事務所に入るためには、依頼された事件を解決するという厳しいテストがある」と伝える。なかなか依頼者が現れない中、あるトラブルが起きてしまう。
島がなくなるかもしれないとの助けを求める手紙を受け取ったあんなとみくるは、慈英島という島に向かう。手紙の差出人である島の村長に迎えられたあんなとみくるは、妖精が現れると島が消えてしまうという言い伝えとそれにまつわる唄について話を聞く。3日前に薪割り用の丸太がばら撒かれ、さらに今朝は村長の顔に落描きされる事件が起き、どちらも唄の内容になぞらえたものだという。あんなとみくるは唄の秘密を解き明かすため、100年以上生きているという亀に会いに行きプリキットグミを使って話を聞くことに。そんな中、村長の家で孫娘たちのおやつにと村長がこっそり隠しておいた饅頭がなくなる事件が起きる。
あんなとみくるは、列車で修学旅行に向かう。実行委員長のゆみは、宿泊先の食事や温泉について下調べを重ね、びっしりと旅行のしおりに書き込んでいた。そんな中、車内販売員が通りかかった際に、ゆみのしおりがなくなってしまう。同時にポチタンが反応したのを見たあんなとみくるは、販売員の正体がゴウエモンではないかと疑う。正体を現したゴウエモンは「列車の中で逃げ切ればいい」と言い放ち、からくり迷路を発動させ、「迷宮トレイン」へと誘い込む。切符の謎解きをクリアしたあんなとみくるが最初に足を踏み入れたのは食堂車だった。だが、列車がトンネルを抜け、再びあたりが明るくなった途端、乗客の悲鳴が響きわたる。
あんならは、宝生美術館で開催されるガラスアーティスト・新堂美佐子の展覧会準備を手伝うことに。目玉作品は“12時のわすれもの”と名付けられたガラスの靴だが、台車で運ばれてきた箱から大量のガラスの靴が飛び出す騒ぎが起きる。飛び出した大量の靴は樹脂製の偽物で、騒ぎの最中に本物の“12時のわすれもの”は消えてしまう。怪盗団ファントムの仕業だと考えたあんなとみくるは、手がかりを求め美術館の外を調べるが、なんとそこで、まことみらい市を訪れていた江戸川コナンと毛利蘭、毛利小五郎と出会う。名探偵プリキュアと江戸川コナンがタッグを組み、事件の謎を解き明かし怪盗団ファントムに立ち向かう。
