宇宙世紀0087年、連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と、反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦(通称・グリプス戦役)は続いていた。エゥーゴに身を投じたカミーユ(CV：飛田展男)は地球に残り、神秘的な少女・フォウ(CV：島津冴子)と運命的な出会いを果たす。
次第にフォウとの仲を深めていくカミーユだったが、フォウはティターンズの強化人間だった。禁じられた二人の出会いは、ティターンズとエゥーゴの対立により悲劇的な結末を迎え、再びカミーユの心を愛と苦悩で引き裂くことに。
宇宙が再び戦乱の時を迎える中、カミーユはクワトロ(CV：池田秀一)が“シャア・アズナブル”であることを知る。一方、地球に幽閉されていたアムロ(CV：古谷徹)もまた動き出そうとしていた。新時代の流れは、次第に3人を結びつけていく。
地球圏の戦乱は混迷を極めていた。エゥーゴを指揮するクワトロ(CV:池田秀一)、ティターンズを我が物にしようと目論むシロッコ(CV：島田敏)、そしてザビ家復興を掲げるジオン軍残党「アクシズ」のハマーン(CV：榊原良子)。3つの勢力の覇権を賭けた戦いは、スペースコロニー・グリプス2を巡る最終局面へと突き進んでいく。
そんな中、レコア(CV：勝生真沙子)はエゥーゴを離れシロッコの下へ身を寄せ、一方でティターンズに身を置くサラ(CV：水谷優子)は、シロッコを慕いながらも敵であるカミーユたちに惹かれていく。そして、混迷の戦場を飛ぶカミーユは、Ζガンダムの持てる力で倒すべきは誰なのかを知ることに…。
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